İnsan Proteom Projesi
İnsan Proteom Projesi[1] (HES), İnsan Proteom Örgütü tarafından organize edilen bir işbirliği çalışmasıdır.[2] Projenin amacı, insan genomu tarafından üretilen tüm proteinleri deneysel olarak gözlemlemektir.
Tarihi
değiştirİnsan Proteom Organizasyonu kan plazması, karaciğer, beyin ve idrar gibi özel insan dokuları üzerine sürdürülen birçok uzun soluklu klinik araştırma projesini koordine eden bir yapıdır.[3] Aynı zamanda özel teknolojiler ve standartlar gerektiren büyük ölçekli protein çalışmalarından da sorumludur.
İnsan Genom Projesine paralel olacak daha büyük bir projenin yapısı ve hedefleri bilimsel literatürde tartışıldı.[4][5][6][7][8] 2009, 2010 ve 2011 yıllarında İnsan Proteom Örgütü Dünya Kongrelerinde yapılan bir dizi toplantıda, İnsan Proteom Projesinin C-HPP ve B /D-HPP olmak üzere iki alt projeden oluşmasına karar verildi. C-HPP 25 gruba ayrılacaktı ve her bir grup bir kromozomu araştıracaktı. B/D-HPP is biyolojik ve hastalıklarla bağlantılı proteinleri araştıran gruplar oluşturacaktı.
Projeler ve gruplar
değiştirMevcut çalışma grupları çalıştıkları kromozom sırasına göre listelenmiştir.
| Kromozom | Grup lideri | Ulusal üyelik |
|---|---|---|
| 1 | Ping Xu | Çin |
| 2 | Lydie Lane | İsviçre |
| 3 | Takashi Kawamura | Japonya |
| 4 | Yu Ju Chen | Tayvan |
| 5 | Peter Horvatovich | Hollanda |
| 6 | Christoph Borchers | Kanada |
| 7 | Edward Nice | Avustralya, Yeni Zelanda |
| 8 | Pengyuan Yang | Çin |
| 9 | Je-Yoel Cho | Seul, Kore |
| 10 | Joshua Labaer | Amerika Birleşik Devletleri |
| 11 | Jong Shin Yoo | Kore |
| 12 | Ravi Sirdeshmukh | Hindistan, Singapur, Tayvan, Tayland |
| 13 | Young Ki Paik | Kore |
| 14 | Charles Pineau | Fransa |
| 15 | Gilberto B Domont | Brezilya |
| 16 | Fernando Corrales | İspanya |
| 17 | Gilbert S. Omenn | Amerika Birleşik Devletleri |
| 18 | Alex Archakov | Rusya |
| 19 | György Marko-Varga | İsveç |
| 20 | Siqiu Liu | Çin |
| 21 | Albert Sickmann | Almanya |
| 22 | Akhilesh Pandey | Amerika Birleşik Devletleri |
| X | Yasushi Ishihama | Japonya |
| Y | Ghasem Hosseini Salekdeh | İran |
| MT | Andrea Urbani | İtalya |
Bilgi-İşlem Kaynakları
değiştirMS/MS tabanlı proteomik sonuçlarının veri indirgenmesi, analizi ve onaylanması Seattle Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nden Eric Deutch tarafından sağlanıyor. Antikor metodlarıyla ilgili veri işleme Kalle von Feilitzen, Stockholm, İsveç (Human Protein Atlas) tarafından koordine edilmektedir. Genel entegrasyon ve raporlama enformatiği SIB, Cenevre, İsviçre'de (NeXtProt) Lydie Lane'in sorumluluğundadır. HPP katkılarının bir parçası olarak üretilen tüm veriler ProteomeXchange depolarından birine depolanır.
Şu anki durum
değiştirKromozom temelli İnsan Proteom Projesinin devam eden projeleri, Proteom Araştırmaları Dergisi'nin (3 Ocak 2014, Cilt 13, Sayı 1) özel bir konusuna konu olmuştur. Projenin genel durumu, bu sayıda bir Editörde tartışılmıştır.[9]
Projenin biyoinformatik grubu tarafından toplantılar, etkinlikler, SOP'ler ve bireysel kromozom ekipleri için diğer özel kaynaklar da dahil olmak üzere mevcut proje bilgilerini derlemek için ayrı bir CHPP-wiki kurulmuştur.
Protein gözlemleriyle ilişkili güvenilirlik ölçütleri bu projenin önemli bir bileşenidir. Kullanılan çeşitli deneysel protokoller için anlamlı olan metriklerin nasıl tanımlanacağı sürekli tartışma konusudur: fikir birliği sağlanmış metrikler yayınlanmıştır.[10]
Projenin son durumunu açıklayan ve "MissingProteinPedia" nın piyasaya sürüldüğünü bildiren dergi makalelerini burada bulabilirsiniz.[11][12]
Ayrıca bakınız
değiştir- BioPlex
- Human Protein Atlas - Protein veritabanları
- NeXtProt
- PeptideAtlas
Kaynakça
değiştir- ^ Legrain, P. et al. The human proteome project: Current state and future direction. Mol Cell Proteomics. 10:M111.009993 (2011).
- ^ HUPO (Human Proteome Organization) 1st World Congress. Mol Cell Proteomics. 9:651-752 (2002).
- ^ Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics. Proteomics. 8, 2156-9 (2008).
- ^ Archakov A, et al. The Moscow HUPO Human Proteome Project workshop. Mol Cell Proteomics. 8:2199-200 (2009).
- ^ Baker MS. Building the 'practical' human proteome project - the next big thing in basic and clinical proteomics. Curr Opin Mol Ther. 2009 11:600-2 (2009).
- ^ Editorial, The call of the human proteome. Nat Methods. 7:661 (2010).
- ^ Rabilloud T., et al. Is a gene-centric human proteome project the best way for proteomics to serve biology? Proteomics. 10:3067-72 (2010).
- ^ Editorial. A Gene-centric Human Proteome Project. Mol Cell Proteomics. 9:427-429 (2010).
- ^ Paik Y-K., et al. Genome-wide Proteomics, Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), Part II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).
- ^ Omenn GS., et al. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on the Human Proteome and Guidelines for High-Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14:3452-60 (2015).
- ^ Horvatovich P., et al. A Quest for Missing Proteins: update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. Jun 15 (2015).
- ^ Baker (2017). "Accelerating the search for the missing proteins in the human proteome". Nature Communications. 8.
Dış bağlantılar
değiştir- HPP proje sayfası (www.hupo.org)11 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
- HPP web sitesi (www.thehpp.org)20 Temmuz 2017 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
- Kromozom Merkezli HPP web sitesi (www.c-hpp.org)26 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
- BD HPP web sitesi (www.hupo.org/B/D-HPP)13 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
- Meraklısına Doku-bazlı insan proteom haritası11 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.