Manius Aquillius (ö. 88 M.Ö.), Roma Cumhuriyeti'nin sonlarında Romalı bir politikacı ve generaldi.

MÖ 129'da konsül olan Manius Aquillius'un oğlu olan antik Roma gens Aquillia'nın bir üyesiydi. Aquillius, MÖ 101'de Gaius Marius ile Roma Konsolosu olarak görev yaptı.