Şablon:Biyolojik veritabanı bilgi kutusu
![]() | Bu şablon şu Lua modülünü kullanıyor: |
Biyolojik bir veritabanını tanımlamak için kullanılan bilgi kutusu. Her veritabanı için, veritabanının hala kullanımda olup olmadığını, bir web servisinin veya sql erişiminin mevcut olup olmadığını, belirli bir organizmaya özgü olup olmadığını vb. bilmek istiyoruz.
Lütfen maddenin altına Kategori:Biyolojik veritabanları eklemeyi unutmayın.
Alanlar
değiştirİçerik
değiştir- başlık: başlık, örneğin FusariumDB
- açıklama: kısa açıklama örn: Fusarium için siber altyapı
- kapsam: Şunlardan biri olabilir : Nükleotid Dizisi, RNA dizisi, Protein dizisi, Yapı, Genomik (omurgasız), Metabolik ve Sinyal Yolları, İnsan ve diğer Omurgalı Genomları, İnsan Genleri ve Hastalıkları, Mikroarray Verileri ve diğer Gen İfadeleri, Proteomik Kaynaklar, Diğer Moleküler Biyoloji, Organel, Bitki, İmmünolojik...
- organizma: bu veritabanına özgü bir veya daha fazla organizma
İletişim
değiştir- merkez: araştırma merkezi. örn. NCBI
- laboratuvar: laboratuvar
- yazar: bu veritabanının yazar(lar)ı
- alıntı: veritabanını tanımlayan bir makalenin birincil alıntısı (alternatif olarak PubMed ID için
pmid=
kullanın, ancak ikisini birden kullanmayın) - pmid: Veritabanını tanımlayan bir makale için PMID (alternatif olarak
alıntı=
kullanın, ancak ikisini birden kullanmayın) - yayıntarihi: yayın tarihi
Erişim
değiştir- standart: MI'lar, Veri formatları, Terminolojiler
- format: Veri formatları
- sql: veritabanı genel bir SQL sunucusu olarak mevcutsa (belgelere işaret eden bir URL olabilir)
- webhizmeti: bu veritabanı için bir web hizmeti varsa (WSDL dosyasına işaret eden bir URL olabilir)
- sparql: eğer varsa sparql uç noktası(ları)
- indirme: indirme alanı, FTP sitesi...
Araçlar
değiştir- webuygulaması: Web uygulama(ları)
- bağımsız: Bağımsız araç(lar)
Diğer
değiştir- sürümleme: Sürümleme politikası/geçmiş dosyalara erişim
- lisans: veri için lisans
- sıklık: Veri yayınlama sıklığı
- kürasyon: Kürasyon politikası
- sürüm: yayınlanan sürüm
- yer imi: Bu veritabanındaki varlığa yer imi koyabilir misiniz (http GET yöntemi)
Model
değiştir{{Biyolojik veritabanı bilgi kutusu
|başlık =
|logo =
|açıklama =
|kapsam =
|organizma =
|merkez =
|laboratuvar =
|yazar =
|alıntı =
|yayıntarihi =
|standart =
|format =
|url =
|indirme =
|webhizmeti =
|sql =
|sparql =
|webuygulaması =
|bağımsız =
|lisans =
|sürümleme =
|sıklık =
|kürasyon =
|yerimi =
|sürüm =
}}
Örnek
değiştir![]() | |
İçerik | |
---|---|
Açıklama | GenBank, NIH genetik dizi veritabanı |
Yakalanan veri türleri | Nükleotid Dizisi, Protein dizisi |
Organizmalar | hepsi |
İletişim | |
Araştırma merkezi | NCBI |
Birincil alıntı | PMID 21071399 |
Erişim | |
Veri formatı | XML ASN.1 Genbank formatı |
İnternet sitesi | NCBI |
İndirme bağlantısı | ncbi ftp |
Web hizmeti bağlantısı | eutils soap |
Araçlar | |
Web | BLAST |
Bağımsız | BLAST |
Diğer | |
Lisans | Kamu malı-ABD Hükûmeti |
Yer imi konulabilir varlıklar | evet |
{{Biyolojik veritabanı bilgi kutusu
| başlık = [[GenBank]]
| yazar =
| merkez = [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]
| organizma = hepsi
| açıklama = GenBank, NIH genetik dizi veritabanı
| kapsam = Nükleotid Dizisi, Protein dizisi
| url = [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]
| indirme = [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]
| webhizmeti = [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils]<br/>[http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]
| lisans = Kamu malı-ABD Hükûmeti
| pmid = 21071399
| logo = [[File:US-NLM-NCBI-Logo.svg|60px]]
| bağımsız=[[BLAST]]
| webuygulaması=[[BLAST]]
| format= [[XML]]<br/>[[ASN.1]]<br/>Genbank formatı
| yerimi= evet
}}
XSLT ile hızlı üretim
değiştirAşağıdaki XSLT stil sayfası https://gist.github.com/768553 bir PubMed makalesinden bir taslak oluşturmak için kullanılabilir.
$ xsltproc --novalid \
> pubmed4biodb.xsl \
> "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=19846593&retmode=xml"
{{Biyolojik veritabanı bilgi kutusu
|başlık = REBASE-- DNA kısıtlaması ve modifikasyonu için bir veritabanı: enzimler, genler ve genomlar.
|logo =[[File:Database.png]]
|açıklama = REBASE-- DNA kısıtlaması ve modifikasyonu için bir veritabanı: enzimler, genler ve genomlar.
|kapsam =
|organizma =
|merkez =
|laboratuvar = New England Biolabs, Inc, 240 County Road, Ipswich, MA 01938, USA.
|yazar = Richard J Roberts
|pmid = 19846593
(...)
İzleme kategorisi
değiştirBiyolojik veri tabanları için bilgi kutusu
Parametre | Açıklama | Tür | Durum | |
---|---|---|---|---|
box_width | box_width | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
Ad | başlık ad | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
logo | logo | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
logo_boyut | logo_boyut | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
logo_dik | logo_dik | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
logo_alt | logo_alt | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
logo_altyazı | logo_altyazı | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
ekrangörüntüsü | ekrangörüntüsü | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
daraltılabilir | daraltılabilir | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
resim_boyutu | resim_boyutu | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
alt | alt | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
altyazı | altyazı | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
Açıklama | açıklama | açıklama yok
| Bilinmiyor | isteğe bağlı |
Kapsam | kapsam | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
organizma | organizma | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
merkez | merkez | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
laboratuvar | laboratuvar | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
yazar | yazar | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
alıntı | alıntı | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
pmid | pmid | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
yayıntarihi | yayıntarihi | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
standart | standart | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
format | format | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
url | url | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
indirme | indirme | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
webhizmeti | webhizmeti | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
sql | sql | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
sparql | sparql | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
webuygulaması | webuygulaması | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
bağımsız | bağımsız | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
lisans | lisans | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
sürümleme | sürümleme | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
sıklık | sıklık | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
sürüm | sürüm | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
kürasyon | kürasyon | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |
yerimi | yerimi | açıklama yok | Bilinmiyor | isteğe bağlı |