2002 yılında [[Türkiye 20 yaş altı millî futbol takımı|Türkiye U-20]] takımında 1 maç forma giyen Kısa, 2004-2005 yılları arasında ise [[Türkiye 21 yaş altı millî futbol takımı|Türkiye U-21]] takımının 10 kere formasını terletti. 2006 yılında [[Türkiye A2]] takımına yükselen Bilal, Mart 2006'da ise ilk kez [[Fatih Terim]] tarafından [[Türkiye millî futbol takımı]]na çağırıldıçağrıldı. İlk kez 28 Mayıs 2006 tarihinde [[Estonya]] karşısında maçın 73.dakikasında [[Hamit Altıntop]]'un yerine girerek millî olan Kısa, 2013 yılına kadar bir daha kadroya davet edilmedi. 2013-14 sezonunun ilk 11 maçlık periyodunda gösterdiği performansla dikkatleri çekmeyi başaran Bilal Kısa bu performansıyla, 7,5 yıl aradan sonra tekrar [[Fatih Terim]] tarafından [[Türkiye millî futbol takımı]]na çağırıldıçağrıldı. 7,5 yıl aradan sonra tekrar Millî olan Bilal verdiği röportajda "Buraya tekrar çağrılmak büyük bir mutluluk. 7 yıl aradan sonra tekrar millî takımdayım. Fatih Terim ile birlikte tekrar çalışacağım için mutluyum. Önemli olan bunu ara vermeden sürdürmektir. Aslında her Türk futbolcusu millî takımda oynamak beklentisi içinde olur, ben de bekliyordum. Açıkçası birazdabiraz da yaşımdan dolayı sıkıntım vardı. Ama Fatih Terim, bu görevi bana layık gördü. Ben de elimden geldiği şekilde değerlendirmek istiyorum. Uzun yıllar millî takıma hizmet etmek istiyorum." açıklamalarında bulundu.<ref>[http://www.cihan.com.tr/news/Bilal-Kisa-A-Milli-Takim-a-tekrar-cagrildigim-icin-mutluyum_4634-CHMTE2NDYzNC8y Bilal Kısa: A millî takıma tekrar çağrıldığım için mutluyum]</ref><ref>[http://spor.gazetevatan.com/haber/bilal-kisa-fatih-terim-ile-yeniden/583781/1 Bilal Kısa: ''Fatih Terim ile yeniden...'']</ref> Bilal Kısa 15 Kasım 2013 tarihinde oynanan [[Kuzey İrlanda]] maçında ''8'' numaralı formayla 83 dakika sahada kalmış ve maçın tek golünün asistini [[Mevlüt Erdinç]]'e yapmıştır.13 Ekim 2014 tarihinde Letonya maçında 40. dakikada Oğuzhan Özyakup sakatlanınca oyuna girmiş ve 47. dakikada uzaktan sol ayağıyla golü atarak skoru 1-0 a yükseltmiştir.
