Abdus Salam Cumhurbaşkanı Field Marshal Ayub Khan tarafından ona verilen hükümetin sorumluluğunu üstlenmek için 1960 da acilen Pakistana döndü. Bağımsızlığından dolayı, Pakistan hiçbir zaman tutarlı bir bilim politikasına sahip olmamıştır, ve toplam araştırma harcamaları ve gelişimi Pakistanın gayri safi millimillî hasılasının yaklaşık %1,0 ini gösterir. Pakistan Atom Enerjisi Komisyonu genelmerkezi bile küçük bir odada yer alıyordu ve on bilimadamından daha az kişi fiziğin temel kavramları üzerine çalışıyordu. Abdus Salam Salimuzzaman Siddiquj’u bilim danışmanı yaptı ve Pakistan Atom Enerjisi Komisyonunun ilk üyesi oldu. Abdus Salam 500 den fazla bilim adamını yurtdışına göndererek fizik araştırma ve geliştirme ağını genişletti. 1961 Eylül ayında, Abdus Salam ülkenin ilk ulusal uzay ajansını kurmak için başbakan Ayub Khanla yakınlaştı. 16 Eylül 1961’de yürütme emri sayesinde Abdus Salamın da baş yönetici olarak çalıştığı Uzay ve Üst Atmosfer Araştırma Komisyonu kuruldu. 1960’dan önce, bilimsel gelişme üzerine çok az iş yapıldı, ve Pakistandakı bilimsel faaliyetler neredeyse çok azaltıldı. Ishfaq Ahmad denen Abdus Salam,ülkeyi [[İsviçre]]<nowiki/>deki [[Avrupa]] Nükleer Araştırma Merkezine katılmak için terk eden bir nükleer fizikçidir. Abdus Salam’ın desteğiyle Pakistan [[Atom]] Enerjisi Komisyonu baş yönetici Ishfaq Ahmad ile birlikte , Pakistan Atom Enerjisi Komisyonu Lahore merkez-6’ yı kurdu. 1967’de Abdus Salam Teorik ve Parçacık fiziği araştırmasına yol açarak merkezi ve idari bir figür oldu. Quaid-e-Azam Üniversitesinde Fizik Enstitünün kuruluşuyla, teorik ve parçacık fiziği araştırmasına başlandı. Abdul Salam’ın yönetimiyle fizikçiler fizikte ve matematikteki en olağanüstü problemleri ele aldılar. Diğer fizikçi Raziuddin Siddiqui çok sayıda fizik araştırma grubu kurdu ve Pakistan akademi enstitüsündeki araştırma faaliyetlerinde gözetmenlik yaptı. Abdus Salam yönetimi altındaki fizik araştırması Pakistanlı fizikçileri dünya çapında tanınma noktasına getirdi. 1950lerden beri Abdus Salam yorulmadan Pakistanda yüksek enerjili araştırma enstitüleri kurmaya çalıştı, yine de başarısız oldu. Abdus Salam Pakistan Atom Enerjisi Komisyonu Genelmerkezini daha büyük bir binaya taşıdı ve ülke çapında araştırma laborauvarları kurdu. Abdus Salam yönetiminde, Ishrat Hussain Usmani ülke çapında plütonyum ve uranyum araştırma komisyonu kurdu. 1961 Ekim’de Abdus Salam Birleşik Devletler’e gitti ve [[Amerika Birleşik DevletlerDevletleri]] ile Pakistan arasında uzay işbirliği anlaşması imzaladı. 1961 Kasım’da [[Nasa]] Abdus Salam’ın baş teknik direktörü olarak çalıştığı Balochistan’da Flight Test Range isimli bir uzay tesisi inşa etti. Abdus Salam Pakistan’ın barışçıl amaçlar için nükleer enerji gelişiminde etkili ve önemli bir rol oynadı. 1964’de Abdus Salam Uluslararası Atom Enerjisi Ajansının temsilciler kurumu başkanı yapıldı ve 10 yıl boyunca Pakistanı temsil etti. Aynı yıl, Abdus Salam ömür boyu arkadaşı ve Government College üniversitesinde aynı yıl okuduğu yaşıtı olan Munir Ahmad Khan’la birleşti. Khan Abdus Salamın Uluslararası Atom Enerjisi Ajansında, [[İtalya]] Trieste’deki bir fizik araştırma merkezi olan Uluslararası Teorik Fizik Merkezinin kuruluşuyla ilgili danıştığı ilk insandı. Uluslararası Atom Enerjisi Ajansıyla imzalanan bir anlaşmayla, Abdus Salamın baş yönetici olduğu Uluslararası Teorik Fizik Merkezi kuruldu. Uluslararası Atom Enerjisi Ajansında, Abdus Salam ülkesindeki nükleer santrallerin önemini yorulmadan savundu. Onun çabaları sayesinde 1965’de [[Kanada]] ve Pakistan Nükleer enerji işbirliği anlaşması imzaladı. Salam [[Karaçi]] yakınlarına nükleer santral kurmak için Eyüp Han’dan izin aldı ki bu Ayub Khan’ın kendi hükümet görevlilerinin isteklerine karşıydı. 1965’de Abdus Salam önderliğinde yapılan çabalarla, Birleşmiş Milletler ve Pakistan arasında içinde Birleşmiş Milletlerin Pakistana küçük bir araştırma reaktörü sağladığı belirtilen bir anlaşma imzaladı. Abdus Salam Pakistanda birçok fırsatı destekleyebileceği bir araştırma enstitüsü kurmayı uzun zaman hayal etmişti. 1965’de Abdus Salam ve Edwatd Durrel Stone Nilore, Islamabad Pakistanda Nükleer Bilimler ve Teknoloji Enstitüsünün kuruluşu için bir sözleşme imzaladılar.
