Vikipedi

Cis Natural RNA

Doğal antisens transkriptler (NAT) hücrede kodlanan, diğer RNA transkriptlerine tamamlayıcı RNA grubudur.[1] Bunlar insanlarda, farelerde ve mayalarda dahil olmak üzere birçok ökaryot hücrede tespit edilmiştir.[2] Bu grup hem protein kodlayan, hem de kodlamayan RNA’ları içerir.[3] Mevcut kanıtlar NAT’ların; RNA interferaz (RNAi), alternatif bölünme, genomik baskı ve X-kromozomu inaktivasyonu gibi çeşitli rolleri olduğunu ortaya koyar.[4] Nat’lar cis ve trans hareketlerine göre iki kategoriye ayrılırlar.[5] Trans-NAT’lar hedeflerinden farklı bir konumda yazılır ve genellikle bazı uyumsuzluklara rağmen birçok transkripte karşı tamamlayıcıdır.[6] MikroRNAlar daha az hata ile birden fazla transkripti hedef alan Trans-NAT’lara örnektir.[6] Cis-natural antisense transkriptler (cis-NAT’lar) hedefleri ile aynı genomik bölgede yazılırlar. Karşı DNA ipliğinden çıkarlar ve kusursuz çiftleri oluştururlar.[7]

Yönlendirme (Oryantasyon) değiştir

Cis-NAT’lar çeşitli yönlere ve çiftler arasında çakışan farklı uzunluklara sahiptirler.[7] Bugüne kadar cis-NAT’ların beş farklı şekilde yönelim gösterdiği bulunmuştur.[8] En yaygın yönlendirme her iki transkriptin 5’ uçlarından uçtan uca hizalandığı oryantasyondur.[3] Transkripsiyonel çarpışma transkripsiyon inhibasyonuna neden oluyorsa, bu yönlendirme gen ekspresyonunun durdurulmasına neden olur.[1] NAT çiftlerinin yaygın olarak kuyruk kuyruğa oryantasyon yaptığına yönelik çalışmalar vardır.[1] Kuyruk kuyruğa oryantasyonun yanında kafa kafaya, örtüşen ve yakın kuyruk kuyruğa oryantasyon daha az görülür.[1] Tamamen örtüşen NAT’lar antisens genlerin diğer genin üzerine tamamen örtüştüğünde devreye girer.[3] Kafa kafaya ve kuyruk kuyruğa yönelimlerde genler arasında fiziksel temas olmazken, çok küçük bir boşluk bulunur.[1] Günümüzde bazı genlerdeki NAT’ların katalitik aktivitelerde görev yaptığı kabul edilmiştir.[3]

Sınıflandırma değiştir

Bütün genomdaki NAT’ların tanımlanması çoklu organizmalardan elde edilen genetik verinin toplanıp, analiz edilmesi sonucu mümkün olur. Kullanılan siliko metodunda verinin kaynağına bağlı olarak çeşitli hatalar meydana gelebilir.[7] Hangi oryantasyona sahip olduğu bilinen mRNA’ların kullanıldığı çalışmalarda vardır ancak kullanılabilen mRNA bilgisi çok azdır.[3] Bir diğer kaynak geniş ifade edilen sentezlenmiş dizi etiketi(EST) kütüphaneleridir, ancak bu küçük dizilere önce yararlı bilgiler kendilerinden çıkarılmadan önce bir yön verilmelidir.[3] Bazı çalışmalarda, poli (A) sinyali, poli(A) kuyruğu ve ekleme alanları gibi EST'lerde hem EST'leri filtrelemek hem de doğru transkripsiyon yönünü vermek için özel dizi bilgisi kullanıldı.[1] Farklı sıra kaynaklarının kombinasyonları, kapsama alanını en üst düzeye çıkarmanın yanı sıra verilerin bütünlüğünü korumaya çalışır. NAT çiftleri örtüşen kümeler oluşturduğunda sınıflandırılır. Farklı çalışmalarda kullanılan kesme değerlerinde değişkenlik vardır, ancak genellikle ~ 20 nükleotid dizilim örtüşmesi, transkriptlerin dikkate alınması ve örtüşen küme için minimum olduğu düşünülür.[1] Ayrıca, transkriptlerin NAT çifti olarak kabul edilmesi için yalnızca bir başka mRNA molekülü ile eşleştirilmesi gerekir.[1][7] Şu anda, antisens çiftleri aramak için kullanılabilecek çeşitli web ve yazılım kaynakları bulunmaktadır. NATsdb 24 Aralık 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. veya Natural Antisence Transkript 23 Aralık 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. veritabanı, çoklu organizmalardan antisens çiftleri aramak için zengin bir araçtır.

Mekanizma değiştir

Cis-NAT'ların düzenleyici rolünün arkasındaki moleküler mekanizmalar şu anda iyi anlaşılmamıştır.[3] Cis-Nat’ların gen ekspresyonu üzerindeki düzenleyici etkilerini açıklayan üç model önerilmiştir. Birinci model cis-NAT ile tamamlayıcı transkript arasındaki baz eşleşmesinin mRNA ekspresyonunu çökerttiğini ortaya koyar.[9] Çift sarmallı RNA oluşumu için cis-NAT ile aralarında en az altı baz çiftinin hassas hizalanması bu modelin varsayımıdır.[1] DNA metilasyonu ve çekirdek histonlarının post transkripsiyonel modifikasyonu gibi epigenetik modifikasyonlar, ikinci modelin temelini oluşturur.[1] Günümüzde cis-NAT'ların hangi özelliklerinin regülasyonun epigenetik modeli için çok önemli olduğu bilinmemektedir.[1] Son model ise deneysel olarak kanıtlanmış transkripsiyonel çarpışma modelidir. Transkripsiyon kompleksleri, cis-NAT’ların transkripsiyon işlemi sırasında genin promotör bölgelerinde bir araya gelir. Daha sonra RNA polimeraz enzimi 5'ten 3’üne doğru nükleotidleri bağlar.[6] Cis-NAT'lar arasındaki örtüşme alanlarında RNA polimerazlar çarpışır ve çarpışma alanında durur.[1] Transkripsiyon inhibe edilir. Çünkü RNA polimerazlar erken durur ve eksik kopyalar bozulur.[10]

Kaynakça değiştir

  1. ^ a b c d e f g h i j k l Osato N, Suzuki Y, Ikeo K, Gojobori T (2007). "Transcriptional Interferences in cis Natural Antisense Transcripts of Humans and Mice". Genetics. 176 (12). ss. 1299-306. doi:10.1534/genetics.106.069484. PMC 1894591 $2. PMID 17409075. 
  2. ^ Vanhée-Brossollet C, Vaquero C (1998). "Do natural antisense transcripts make sense in eukaryotes?". Gene. 211 (1). ss. 1-9. doi:10.1016/S0378-1119(98)00093-6. PMID 9573333. 
  3. ^ a b c d e f g Lavorgna G, Dahary D, Lehner B, Sorek R, Sanderson CM, Casari G (2004). "In search of antisense". Trends Biochem Sci. 29 (2). ss. 88-94. doi:10.1016/j.tibs.2003.12.002. PMID 15102435. 
  4. ^ Zhang Y, Liu XS, Liu QR, Wei L (2006). "Genome-wide in silico identification and analysis of cis natural antisense transcripts (cis-NATs) in ten species". Nucleic Acids Research. 34 (12). ss. 3465-75. doi:10.1093/nar/gkl473. PMC 1524920 $2. PMID 16849434. 
  5. ^ Chen J, Sun M, Kent WJ, Huang X, Xie H, Wang W, Zhou G, Shi RZ, Rowley JD (2004). "Over 20% of human transcripts might form sense–antisense pairs". Nucleic Acids Res. 32 (16). ss. 4812-20. doi:10.1093/nar/gkh818. PMC 519112 $2. PMID 15356298. 
  6. ^ a b c Carmichael GG (2003). "Antisense starts making more sense". Nat Biotechnol. 21 (4). ss. 371-2. doi:10.1038/nbt0403-371. PMID 12665819. 
  7. ^ a b c d Wang XJ, Gaasterland T, Chua NH (2005). "Genome-wide prediction and identification of cis-natural antisense transcripts in Arabidopsis thaliana". Genome Biology. 6 (4). ss. R30. doi:10.1186/gb-2005-6-4-r30. PMC 1088958 $2. PMID 15833117. 
  8. ^ Fahey,M.E.; Moore,T.F. Higgins,D.G. (2002). "Overlapping Antisense Transcription in the Human Genome". Compar. Funct. Genom. 3 (3). ss. 244-253. doi:10.1002/cfg.173. PMC 2447278 $2. PMID 18628857. 
  9. ^ Borsani O, Zhu J, Verslues PE, Sunkar R, Zhu JK (2005). "Endogenous siRNAs Derived from a Pair of Natural cis-Antisense Transcripts Regulate Salt Tolerance in Arabidopsis". Cell. 123 (7). ss. 1279-91. doi:10.1016/j.cell.2005.11.035. PMC 3137516 $2. PMID 16377568. 
  10. ^ Røsok O, Sioud M (2005). "Systematic search for natural antisense transcripts in eukaryotes (review)". Int J Mol Med. 15 (2). ss. 197-203. doi:10.3892/ijmm.15.2.197. PMID 15647831. 
"https://tr.wikipedia.org/w/index.php?title=Cis_Natural_RNA&oldid=32175184" sayfasından alınmıştır