AutoDock
AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır. Protein-ligand yanaştırma için özellikle etkilidir. AutoDock 4, GNU Genel Kamu Lisansı altındadır. AutoDock, araştırma topluluğunda en çok alıntı yapılan yanaştırma yazılımı uygulamalarından biridir. Bu program aynı zamanda World Community Grid tarafından yürütülen FightAIDS@Home projesi için bir üstür. Şubat 2007'de, ISI Atıf Dizini'nde yapılan bir araştırma, birincil AutoDock yöntem kağıtları kullanılarak 1.100'den fazla yayınının Autodock'a atıfta bulunduğunu gösterdi. 2009 itibarıyla bu sayı 1.200'ü aştı.
| Geliştirici(ler) | Scripps Araştırma Enstitüsü |
|---|---|
| İlk yayınlanma | 1989) |
| Güncel sürüm | 4.2.6 (AutoDock), 1.1.2 (AutoDock Vina) / 2014) (AutoDock), 2011) (AutoDock Vina) |
| Programlama dili | C++, C |
| İşletim sistemi | Linux, Mac OS X, SGI IRIX ve Microsoft Windows |
| Platform | Çoklu |
| Erişilebilirlik | İngilizce |
| Tür | Protein–ligand yanaştırma |
| Resmî sitesi | autodock.scripps.edu (AutoDock) vina.scripps.edu (AutoDock Vina) |
AutoDock Vina, doğruluk ve performans açısından önemli ölçüde geliştirilmiş AutoDock halefidir.[1] Vina Apache lisansı ile edinilebilir.
Hem AutoDock hem de Vina şu anda Scripps Araştırma Enstitüsü, özellikle de Moleküler Grafik Laboratuvarı (Dr. Arthur J. Olson), tarafından sürdürülmektedir.[2][3]
Programlar
değiştirAutoDock iki ana programdan oluşur:[4]
- Ligandın hedef proteini tanımlayan bir dizi ızgaraya yanaştırılması için AutoDock;
- Bu ızgaraları önceden hesaplamak için AutoGrid (Grid İngilizcede ızgara anlamına gelir).
AutoDock kullanımı, HIV1 entegraz inhibitörleri dahil olmak üzere birçok ilacın keşfine katkıda bulunmuştur.[5]
Platform desteği
değiştirAutoDock, Linux, Mac OS X, SGI IRIX ve Microsoft Windows üzerinde çalışır.[6] Debian,[7][8] Fedora,[9] ve Arch Linux dahil olmak üzere çeşitli Linux dağıtımlarında paket olarak mevcuttur.[10]
Ayrıca bakınız
değiştirKaynakça
değiştir- ^ AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading, 2010
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 4 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ Critical assessment of the automated AutoDock as a new docking tool for virtual screening
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 31 Ağustos 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 13 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
Dış bağlantılar
değiştir- AutoDock ana sayfası13 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
- AutoDock Vina ana sayfası8 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.