Ay’ın Karanlık Yüzü filminin konusu CybertroneCybertron gezegeninde yaşanan Autobot ve Decepticon savaşında gezegenden ayrılıp dünya'ya doğru yola çıkan Autobot'ların eski lideri Sentinel Prime üstünden geçmektedir. (Spoiler içerir) Sentinel Prime'ın uzay aracı ayın karanlık yüzüne düşer ve insanoğlu aya ulaştığı anda Sentinel'in gemisini keşfeder. Yıllar sonra Autobot ekibi ayın karanlık yüzüne iner ve Sentinel Prime ile birlikte kalan 5 kolonu dünyaya getirir ve Optimus Matrix ile Sentinel'i yeniden hayata döndürür. İnsanoğlu Decepticon saldırısından Sentinel'i korumaya çalışırken Sentinel'i Decepticon'lar ile anlaşma yaptığını anlatır ve Ironhide'ı öldürüp kaçar. Decepticonların elinde olan kolonlar sayesinde Cybertrone'u dünyaya getirmeye çalışır.İnsanoğlu bütün bu yıkımın suçlusu olarak Autobot'ları suçlar ve onları uzaya gönderir ancak roketin içinde saklanan Autobot'lar planladıkları gibi tekrar dünyaya döner ve Chicago savaşında Decepticon'lar karşı savaşırlar.
