1920 yılının sonunda 20. Kolordu ve Komutanı [[Ali Fuat Paşa]] ile birlikte [[Gediz Muharebeleri]]'ne katıldı ve TBMM kuvvetleri, [[Gediz]]'i geri alarak, [[İzmir'in İşgali]]'nden sonra ilk defa Yunanların işgal ettikleri bir bölgeden geri çekilmelerini sağladı.
[[Gediz Muharebeleri]]'nden sonra komuta kademesiyle yaşadığı anlaşmazlıklar ve düzenli ordu birliklerine katılmak istememesi yüzünden isyanTBMM ettiile sorun yaşadı.<ref>http://web.firat.edu.tr/sosyalbil/dergi/arsiv/cilt21/sayi1/273-288.pdf</ref> Ocak 1921'de [[İsmet İnönü|İsmet Bey]] ve [[Refet Bey]] öncülüğündeki birliklerce Çerkes Ethem birliklerine harekat düzenlendi.<ref name=":0">Türk İstiklal Harbi - II nci Cilt - Batı Cephesi - 3 ncü Kısım. - T.C. Genelkurmay Başkanlığı Harp Dairesi Başkanlığı Resmî Yayını</ref> Büyük bir çarpışma yaşanmadan, Çerkes Ethem'in birlikleri teslim oldu.<ref name=":0" /> Kardeşleri ve küçük bir grup yandaşı ile Yunanistan'a sığınmak zorunda kaldı.<ref>http://www.ait.hacettepe.edu.tr/akademik/arsiv/ayak.htm#_ftnref55</ref> [[Yüzellilikler]] ismiyle anılan ve ülkeye girmesi yasaklanan kişilerden oluşan listede yer aldı.<ref>http://web.deu.edu.tr/ataturkilkeleri/ai/uploaded_files/file/dergi_27/05%20Saduman%20Halici.pdf s.2</ref> Savaştan sonra [[Ürdün]]'e geçti ve 21 Eylül 1948 tarihinde [[Amman]]'da vefat etti.
