Transkripsiyon faktörü: Revizyonlar arasındaki fark

[[Moleküler biyoloji]]de bir '''transkripsiyon faktörü''' [[gen]]lerin [[Transkripsiyon (genetik)|transkripsiyonunu]] düzenlemek için [[DNA]] üzerinde belli bir diziye bağlanabilen bir [[protein]]dir. Bunlar diziye-özgün DNA bağlanma proteini olarak da adlandırılır.<ref name="pmid9570129">{{Dergi kaynağı| yazar = Latchman DS | başlık = Transcription factors: an overview | journal = Int. J. Biochem. Cell Biol. | volumecilt = 29 | issuesayı = 12 | pagessayfalar = 1305-12 | yearyıl = 1997 | pmid = 9570129 | doi = 10.1016/S1357-2725(97)00085-X | issn = }}</ref><ref name="pmid2128034">{{Dergi kaynağı| yazar = Karin M | başlık = Too many transcription factors: positive and negative interactions | journal = New Biol. | volumecilt = 2 | issuesayı = 2 | pagessayfalar = 126-31 | yearyıl = 1990 | pmid = 2128034 | doi = | issn = }}</ref> Transkripsiyon faktörleri tek başına veya bir komplekste yer alan başka proteinlerle beraber, [[RNA polimeraz]] tarafından bir genin transkripsiyonunu ya (bir [[aktivatör]] olarak) kolaylaştırırlar veya (bir [[represör]] olarak) engeller.<ref name="pmid8870495">{{Dergi kaynağı| yazar = Roeder RG | başlık = The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II | journal = Trends Biochem. Sci. | volumecilt = 21 | issuesayı = 9 | pagessayfalar = 327-35 | yearyıl = 1996 | pmid = 8870495 | doi = 10.1016/0968-0004(96)10050-5 | issn = }}</ref><ref name="pmid8990153">{{Dergi kaynağı| yazar = Nikolov DB, Burley SK | başlık = RNA polymerase II transcription initiation: a structural view | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volumecilt = 94 | issuesayı = 1 | pagessayfalar = 15-22 | yearyıl = 1997 | pmid = 8990153 | doi = 10.1073/pnas.94.1.15 | issn = }}</ref><ref name="pmid11092823">{{Dergi kaynağı| yazar = Lee TI, Young RA | başlık = Transcription of eukaryotic protein-coding genes | journal = Annu. Rev. Genet. | volumecilt = 34 | issuesayı = | pagessayfalar = 77–137 | yearyıl = 2000 | pmid = 11092823 | doi = 10.1146/annurev.genet.34.1.77}}</ref>

* '''Trans-aktivasyon bölgesi''' ('''TAB''') transkripsiyon eşdüzenleyici (''co-regulator'') başka proteinler için bağlanma yerlerine sahiptir.<ref name="pmid12893880">{{Dergi kaynağı| yazar = Wärnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson J-Å | başlık = Activation functions 1 and 2 of nuclear receptors: molecular strategies for transcriptional activation | journal = Mol. Endocrinol. | volumecilt = 17 | issuesayı = 10 | pagessayfalar = 1901-9 | yearyıl = 2003 | pmid = 12893880 | doi = 10.1210/me.2002-0384 | issn = }}</ref>

Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar:<ref name="pmid15706513">{{Dergi kaynağı| yazar = Stegmaier P, Kel AE, Wingender E | başlık = Systematic DNA-binding domain Classification of transcription factors | journal = Genome informatics. International Conference on Genome Informatics | volumecilt = 15 | issuesayı = 2 | pagessayfalar = 276-86 | yearyıl = 2004 | pmid = 15706513 | doi = | issn = | url = http://www.jsbi.org/journal/GIW04/GIW04F028.html }}</ref><ref name="pmid16381825">{{Dergi kaynağı| yazar = Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E | başlık = TRANSFAC^® and its module TRANSCompel:^® transcriptional gene regulation in eukaryotes | journal = Nucleic Acids Res. | volumecilt = 34 | issuesayı = Database issue | pagessayfalar = D108-10 | yearyıl = 2006 | pmid = 16381825 | doi = 10.1093/nar/gkj143 | issn = }}</ref><ref>{{Web kaynağı | url = http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html | başlık = TRANSFAC^® database | erişimtarihi =10 Ocak 2008-01-10 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160303192142/http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html | arşivtarihi = 3 Mart 2016}}</ref>

Transkripsiyon denetiminde önemli rol oynayan başka proteinler de vardır ama bunlar DNA'ya bağlanmadıkları için transkripsiyon faktörü olarak sayılmazlar.<ref name="pmid11823631">{{Dergi kaynağı| yazar = Brivanlou AH, Darnell JE | başlık = Signal transduction and the control of gene expression | journal = Science | volumecilt = 295 | issuesayı = 5556 | pagessayfalar = 813-8 | yearyıl = 2002 | pmid = 11823631 | doi = 10.1126/science.1066355 | issn = }}</ref> Örneğin, [[koaktivatör]]ler, [[kromatin biçimlendirici]]ler, [[histon asetilaz]]lar ve [[deasetilaz]]lar, [[kinaz]]lar ve [[metilaz]]lar.

Genel transkripsiyon faktörleri, transkripsiyon başlangıç öncesi kompleks oluşumuyla ilişkilidir. En yaygın olanlarının adları [[TFIIA]], [[TFIIB]], [[TFIID]], [[TFIIE]], [[TFIIF]], and [[TFIIH]] olarak kısaltılır. Her yerde bulunurlar ve tüm Sınıf II genlerin transkripsiyon başlama noktasını çevreleyen çekirdek promotör bölgesi ile etkileşirler.<ref name="pmidc">{{Dergi kaynağı| yazar = Orphanides G, Lagrange T, Reinberg D | başlık = The general transcription factors of RNA polymerase II | journal = Genes Dev. | volumecilt = 10 | issuesayı = 21 | pagessayfalar = 2657-83 | yearyıl = 1996 | pmid = 8946909 | doi = 10.1101/gad.10.21.2657 | issn = }}</ref>

Transkripsiyon faktörleri gen ifadesinin düzenlenmesi için zaruridir ve dolayısıyla her canlıda bulunur. Canlılarda bulunan transkripsiyon faktörü sayısı genom büyüklüğü ile orantılıdır, daha büyük genomlarda gen başına transkripsiyon faktörü sayısı daha çoktur.<ref name="pmid12957540">{{Dergi kaynağı| yazar = van Nimwegen E | başlık = Scaling laws in the functional content of genomes | journal = Trends Genet. | volumecilt = 19 | issuesayı = 9 | pagessayfalar = 479-84 | yearyıl = 2003 | pmid = 12957540 | doi = 10.1016/S0168-9525(03)00203-8 | issn = }}</ref>

İnsan genomunda DNA'ya bağlanabilen yaklaşık 2600 protein vardır, bunların çoğunun transkripsiyon faktörü olduğu tahmin edilmektedir.<ref name="pmid15193307">{{Dergi kaynağı| yazar = Babu MM, Luscombe NM, Aravind L, Gerstein M, Teichmann SA | başlık = Structure and evolution of transcriptional regulatory networks | journal = Curr. Opin. Struct. Biol. | volumecilt = 14 | issuesayı = 3 | pagessayfalar = 283-91 | yearyıl = 2004 | pmid = 15193307 | doi = 10.1016/j.sbi.2004.05.004 | issn = }}</ref> Dolayısıyla genomdaki genlerin yaklaşık %10'u transkripsiyon faktörlerini şifrelemektedir, yani bu protein grubu insan proteinleri arasında en kalabalık olanıdır. Genlerin genelde iki tarafında birkaç farklı transkripsiyon faktörünün bağlanma yerleri bulunmaktadır ve bu genlerin verimli olarak ifadesi için birkaç transkripsiyon faktörünün beraberce etkisi gerekmektedir. Yani 2000 insan transkripsiyon faktörünün belli bir alt kümesinin kombinezonları insan genomundaki her genin gelişim sırasındaki kendine has denetimini açıklamaya yeterlidir.<ref name="pmid11823631" />

* [http://transcriptionfactor.org/ DBD database of predicted transcription factors]<ref name="pmid16381970">{{Dergi kaynağı| yazar = Kummerfeld SK, Teichmann SA. | başlık = DBD: a transcription factor prediction database | journal = Nucleic Acids Res. | volumecilt = 34 | issuesayı = Database issue | pagessayfalar = D74-81 | yearyıl = 2006 | pmid = 16381825 | doi = 10.1093/nar/gkj131 }}</ref> Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes. {{İng}}