Mara ile olan evlilik barışı tesis etmesi düşünülürken umulduğu gibi olmamış, 1438'de kocası II. Murad Sırbistan'a savaş açmıştır. Sırbistan bütünüyle fethedilmiştir. II. Murad, karısının babasının memleketinde kalmasına izin vermiş ancak iki kardeşini tutuklatmıştır. Bir süre sonra kardeşlerinin babaları ile haberleştikleri gerekçesiyle 1441'de gözlerine mil çektirilerek [[Sinop]] ve [[Amasra]] kalelerine gönderilmişlerdir.
II. Murad'ın ölümünden sonra üvey oğlu [[II. Mehmed]] kendisini evlendirmek istemiş, ancak bu isteğe karşı çıkarak [[Sırbistan]]'a geri dönerdönmüştür. Aynı zamanda [[Bizans]] İmparatoru [[XI. Konstantinos]]'ta kendisiyle evlenmek istemiş ancak bu isteği de reddetmiştir. 1456'da babasının ölümünün ardından tahtın varisleri arasında kendisinin de olduğunu iddia etti. Taht mücadelesinde başarılı olamayınca 1457'de [[İstanbul]]'a geri döndü. İki yıl İstanbul'da kaldıktan sonra 1459'da Osmanlılar tarafından tamamı ele geçirilmiş Sırbistan yerine [[Serez]]'e yerleşti. Fatih Sultan Mehmed üvey annesine [[Selanik]]'teki [[Ayasofya (Selanik)|Ayasofya Manastırı]]'nın bütün gelirlerini bir fermanla bağışladı. Fermanda Mara Hatun, "''bütün Hristiyan kadınların hanımefendisi''" olarak nitelendirilmiştir.<ref name=":0">[[Necdet Sakaoğlu]], Bu Mülkün Kadın Sultanları, Oğlak Yayınları, 4. baskı, s. 97-104</ref>
Ayasofya Manastırı'ndaManastırda yaşarken kız kardeşi Katerina'yı 1469 yılında padişahın izniyle yanına aldırmıştır. Mara Hatun'un [[II. Mehmed|Fatih Sultan Mehmed]]'in annesi olduğu bazı yazarlar tarafından iddia edilir. Ancak bunun doğru olması mümkün değildir, çünkü Mara Hatun ile II. Murad 1435 evlenmişler,<ref name=":0" /> Fatih Sultan Mehmed ise 1432 yılında doğmuştur. Mara ile Murad'ın çocukları olup olmadığı bilinmemektedir.<ref name=":0" /> Mara, uzun bir ömür yaşadıktan sonra 14 Eylül 1487'de [[Serez]]'de ölmüştür. Eikosifoinissa Manastırı'nda gömülüdür.
II. Mehmed kendisine saygılı davranmış ve "''anam''" diye hitap etmiştir.<ref name=":0" /> [[II. Bayezid]]'de, Mara Hatun'a babası gibi saygıda kusur etmemiştir.
