=== Cafer Han Zend'le İkinci Savaşı ve Tahta Çıkışı ===
Bir süre sonra Taki Han (Yezd'in Yöneticisi) adlı başka bir yerel yönetime sahip olan yerel bir hükümdar Cafer Han'ı yenerek ele geçirdiği zenginlikle, Kaçar bölgelerini işgal etti ve İsfahan'a yürüdü. Bunun üzerine Ağa Muhammed Han güneye doğru giderek. 1788'de İsfahan'da Cafer Kuli Han'la bir araya geldi ve bir süre sonra Taki Hana,Han'a Kaçar hâkimiyetihâkimiyetini kabul ettirdi ve sonra dağlara kaçan bazı Kâşkay kabilelerini cezalandırdı.
Daha sonra Ağa Muhammed Şiraz'a yaklaştı ve burada Cafer Han'ı şehir dışına yenmeyi umdu, çünkü kalenin savunması güçlü olduğu için zaptetmesizapt etmesi güçtü. Ne var ki Ağa Muhammed Han sebebiyle Cafer Han şehirden çıkmadı. Ağa Muhammed Han, İsfahan'a geri döndü ve orada Cafer Kuli Han'ın yerine İsfehan valisi olarak kardeşi Ali Kuli'yi tayin ettikten Sonra Tahran'a gitti. Cafer Han, İsfahan ve çevresi için bir saldırı daha hazırlamak için bir ordu oluşturmaya başlaması, Agha Muhammed Han ile bir kez daha kuzeye inmeye mecbur etti. Ali kuli, bunu öğrenmesiyle, İsfahan'ın güneyindeki bir şehir olan Kumişah'a bir grup aşiret gönderdi. Bununla birlikte, Cafer han onları kolayca yenmeyi başarmasıyla. Ali Kuli, Kaşan'a çekildi. Bunu öğrenen Ağa Muhammed Han, hızla İsfahan'a doğru yürüdü ki, Cafar Han'ın bir kez daha Şiraz'a çekildi. Ağa Muhammed Han tekrar Şiraz'a saldırmak yerine Tahran'a döndü. Cafer Han, 23 Ocak 1789'da öldürüldü, taht çıkmak için savaşan birkaç Zand prensi arasında dört aylık süren bir iç savaşa başladı. Mayıs ayında Cafer Han'ın oğlu Lutf Ali Han, bu iç savaşta galip çıktı. Bu dönemde de Ağa Muhammed Han'ın tahta çıkmasıyla (ancak taç giymemiştir) yeğeni Baba Han’ı (daha sonra Feth Ali Şah Kaçar olarak anılacaktır) vârisi olarak atandı.
