Hasankeyf’in ne zaman kurulduğu kesin olarak bilinmemekle birlikte tarihi antik döneme kadar dayanmaktadır.<ref name= "hasankeyfkültürportalı">[http://www.kulturportali.gov.tr/turkiye/batman/gezilecekyer/hasankeyf-orenyeri Türkiye Kültür Portalı, Kültür ve Turizm Bakanlığı]</ref>
Hasankeyf höyüğünde yapılan çalışmalarda 3.500 yıldan 12.000 yıl öncesine kadar arkeolojik buluntulara rastlanılmıştır. Yerleşim, Yukarı Mezopotamya’dan Anadolu’ya geçiş yolu üzerinde ve Dicle nehrinin kenarında kurulmuş olması nedeniyle stratejik bir öneme sahipti.<ref name= "hasankeyf" /> MS 2. ve 3. yüzyıllarda sınır yerleşimi olarak Bizanslılarla Sasaniler arasında el değiştirmiştir. Diyarbakır ve çevresini ele geçiren Roma İmparatoru [[II. KonstantiusConstantius]], bölgeyi Sasanilerden korumak amacıyla iki sınır kalesi inşa ettirmiştir. MS 363 yılında inşa edilen kale uzun süre Roma ve Bizans egemenliğinde kaldı. Hıristiyanlığın bölgede 4. yüzyıldan itibaren yayılmaya başlamasından sonra yerleşim Süryani piskoposluğunun merkezi durumuna geldi. Kadıköy Konsili tarafından MS 451 yılında Hasankeyf’teki piskoposluğa Kardinal unvanı verilmiştir.<ref name= "hasankeyfbatmanilkültür">[http://www.batmankulturturizm.gov.tr/TR,56621/hasankeyf-kalesi.html Batman İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü]</ref> Hasankeyf 640 yılında, Halife [[Ömer]] döneminde İslâm ordusu tarafından ele geçirildi. [[Emeviler]], [[Abbasiler]], [[Hamdaniler]] ve [[Mervaniler]] egemenliğinde kalan yerleşim [[1102]] yılında [[Artuklular]] tarafından ele geçirilmiştir.<ref name= "hasankeyf" /> Artuklu beyliği' nin 1102-1232 yılları arasında başkentliğini yapan Hasankeyf, en parlak dönemini bu tarihlerde yaşamıştır.<ref name= "hasankeyfkültürportalı"/> Artuklular döneminde imar edilerek kale kasabası özelliğinden kurtulup şehir haline geldi. 1232 yılında [[Eyyubiler]] tarafından ele geçirilen yerleşim, [[1260]] Moğollarca ele geçirildi ve tahrip edildi.<ref name= "hasankeyfbatmanilkültür" /> Hasankeyf' in Eyyubi hakimi [[Hülagü]]' ye bağlılığını bildirerek şehirdeki egemenliğini devam ettirebildi. Hasankeyf, 14. yüzyılda önemli bir şehir olma özelliğini korumakla birlikte eski parlak günlerine kavuşamadı. [[1462]] yılında [[Uzun Hasan]] tarafından ele geçirilen şehir [[Akkoyunlular|Akkoyunlu]] topraklarına katıldı. Akkoyunlular' ın zayıflamasıyla [[1482]] yılında Hasankeyf' te Eyyubi emirlerinin yönetimi yeniden başlamıştır. Bir süre sonra [[Safeviler]]' in denetimine geçen yerleşim, 1515 tarihinde [[Osmanlı İmparatorluğu|Osmanlı]] topraklarına katılmıştır.<ref name= "hasankeyfkültürportalı"/> 1524 yılına kadar Osmanlı yönetimine bağlı Eyyubi yöneticiler tarafından idare edilen Hasankeyf, bu tarihten itibaren Osmanlı idarecileri tarafından yönetilmeye başlamıştır. 17. yüzyıldan itibaren ana ticaret yollarının değişmesi ve Osmanlı-İran savaşları sonucunda ticarette görülen duraklama neticesinde şehir önemini yitirdi. 1867 yılından sonra Mardin Midyat’a bağlı olan yerleşim, 1926 yılında Gerçüş ilçesine bağlanmıştır. 1990 yılında [[Batman]]'ın il olmasıyla ilçe bu şehre bağlanmıştır.<ref name= "hısnıkeyf"/>
