4 Eylül 2012 tarihinde Kardemir Karabükspor kulübüyle 1 yıllığına transfer olmuştur. 2012-13 sezonunda sakatlığı nedeniyle şans bulamayan Ünal ilk maçında 17. haftada [[Fenerbahçe (futbol takımı)|Fenerbahçe]] karşısında 3-1 [[Ülker Stadyumu|Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu]]'nda kazanılan maçın 89.dakikasında çıksada bu maçın ardından sakatlanmmış bir sonraki maçına ise 23. haftada [[Akhisar Belediyespor]] karşısında 72.dakikada çıkmıtşır. Bu maçın ardınan düzenli olarak şas bulan Ünal, 28 haftada ise [[İstanbul Başakşehir FK|İstanbul BB]] karşısında ligdeki o sezonki ilk golünü atmıştır. Ünal o sezon attığı diğer golünü ise 33. hafta [[Sivasspor]] karşısında atmıştır. Ünal 34. hafa oyanan ve Karabükspor'un kümede kalması için büyük önemi olan Fenerbahçe maçında yine şans bulmuş 68 dakika sahada kaldığı maçta bir dea sist yapmıştır. 2013-14 sezonunda ise [[Tolunay Kafkas]]'ın getirilmesiyle eski hocası tarafından şans bulan Gökhan, ilk hafta [[Kasımpaşa SK|Kasımpaşa]] maçında kafa golüyle ağları sarsmayı başarmıştır. Bir sonraki golünü de 2. hafta [[Elazığspor]] maçında atmıştır. Süper Lig'in 9.hatasına kadar takımla kalan Ünal anlaşmazlık sebebiyle ise 31 Ekim 2013 tarihinde külübüyle şözleşmesini karşılıklı olarak fesh etmiştir.
