1996-97 sezonu Maribor için bir dönüm noktası oldu. Slovenya Ligi'ni şampiyon bitirerek tarihinde ilk kez lig şampiyonu oldu.<ref name = "1991-2000"/> Ayrıca [[Slovenya Kupası]]'nı alarak çifte kupa sevinci yaşadı. 1998–99 sezonunda da aynı başarıyı tekrarladı. 1996-97 sezonundaki lig şampiyonluğunun ardından 2003 yılına kadar aynı başarıyı ardart arda yedi kez gösterdi. 1999-2000 sezonunda kulüp, [[Bojan Prašnikar]] teknik direktörlüğünde [[1999-2000 UEFA Şampiyonlar Ligi]] elemelerinde [[KRC Genk|Genk]]'i (5-1, 0-3) ve Fransa'nın güçlü kulüplerinden [[Olympique Lyon|Lyon]]'u (1-0, 2-0) mağlup etti.<ref name="mb_pohorje">{{Web kaynağı | url = http://maribor-pohorje.si/football-club-maribor.aspx | başlık = Football Club Maribor | yazar = Maribor Pohorje | tarih = | yayımcı = maribor-pohorje.si | dil = Slovence | erişimtarihi = 4 Nisan 2011 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160305164232/http://maribor-pohorje.si/football-club-maribor.aspx | arşivtarihi = 5 Mart 2016}}</ref> Maribor o sezon, [[Dinamo Kiev]], [[Bayer 04 Leverkusen|Bayer Leverkusen]] ve [[SS Lazio|Lazio]] ile aynı grupta yer aldı. Aynı zamanda UEFA Şampiyonlar Ligi grup maçlarına katılan tek eski Yugoslavya ülkelerinden katılan 4 takımdan biri oldu (diğerleri [[NK Dinamo Zagreb|Dinamo Zagreb]], [[FK Partizan|Partizan]] ve [[HNK Hajduk Split|Hajduk Split]]).<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.gnkdinamo.hr/2190 | başlık = Zanimljivosti uoči utakmice Dinamo – Malmö | yazar = GNK Dinamo Zagreb | tarih = 14 Ağustos 2011 | yayımcı = gnkdinamo.hr | dil = Hırvatça | erişimtarihi = 21 Ağustos 2011 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20120404094033/http://www.gnkdinamo.hr/2190 | arşivtarihi = 4 Nisan 2012}}</ref><ref>{{Web kaynağı | url = http://gorannecin.rs/2010/08/fk-partizan-raspored-utakmica-u-ligi-sampiona/ | başlık = FK Partizan: Raspored utakmica u Ligi šampiona | yazar = GN Official Website | tarih = 26 Ağustos 2010 | yayımcı = gorannecin.rs | dil = Sırpça | erişimtarihi = 5 Nisan 2011 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20110817095603/http://gorannecin.rs/2010/08/fk-partizan-raspored-utakmica-u-ligi-sampiona/ | arşivtarihi = 17 Ağustos 2011}}</ref><ref>{{Web kaynağı | url = http://www.hnkhajduk.com/index.php?Itemid=28&id=14&option=com_content&task=view | başlık = HAJDUKOVE UTAKMICE U EUROPI | yazar = HNK Hajduk Split (Resmi olmayan site) | tarih = | yayımcı = hnkhajduk.hr | dil = Hırvatça | erişimtarihi = 5 Nisan 2011 | arşivurl = http://web.archive.org/web/20160315035521/http://www.hnkhajduk.com/index.php?Itemid=28&id=14&option=com_content&task=view | arşivtarihi = 15 Mart 2016}}</ref>
