|
[[Dosya:Phylogenetic tree.svg|thumb|340px|Fig. 1: rRNA genleri için oluşturulmuş tartışmaya açık bir ağaç.]]
Bir '''filogenetik ağaç''' veya '''evrim ağacı''' farklı biyolojik [[tür]]ler veya ortak bir atası olduğuna inanılan diğer varlıkların arasındaki [[evrim]]sel ilişkileri gösteren bir grafik ağaçtır.
Filogenetik ağaç veya evrimsel ağaç, çeşitli biyolojik türler veya oluşumlar arasındaki evrime dayalı olarak çıkarılan ilişkileri bu yapıların fiziksel ve/veya genetik özelliklerini temel alarak gösteren kollara ayrılmış grafiklere verilen isimlerdir. Ağaçta aynı dala eklenen taksonlar ortak bir atadan geldiklerini gösterirler.
Köklü birBir filogenetik ağaçta, iki dalın ayrıldığı her bir altsoydüğüm kavşağınoktası altsoyların ortak atasını temsil etmektedir. ve bazıBazı ağaçların kenardal uzunlukları zamanalt tahminlerinleriyletürlerin ilişkilidir.birbirinden Herevrimsel kavşakolarak birayrışma taksonomizamanı birimidirile ilişkilidir. İçHer kavşaklardüğüm bir genellikletakson, doğrudanyani gözlemlenemeyeceğibir içintaksonomi hipotetikbirimidir. taksonomiİç birimleridüğümler olarakgeçmişte adlandırılmaktadır.var Ağaçlarolmuş biyoenformatik,taksonlara sistematikait veolup karşılaştırmalıdoğrudan filogenetikgözlemlenemeyeceği gibiiçin biyolojihipotetik alanlarındataksonlar kullanışlıdır.olarak adlandırılır.
''''''Tarihçe''''''
“Hayat ağacı” fikri antik çağlardan gelen Büyük Varoluş Zinciri (bitkiler - yaratıklar – insanlar – melekler - tanrılar) gibi kavramlara dayanır. Böyle sıralamalarda merdivensel olarak önemsiz veya basitten daha önemli veya karmaşık olana doğru gidilir. İlk filogenetik ağaçlar Edward Hitchcock’un Basit Jeoloji kitabındaki bitkiler ve hayvanlar arasındaki jeolojik ilişkileri de gösteren bir paleontolojik liste içerir.
Charles Darwin de Türlerin Kökeni adlı çığır açan kitabında ilk örneklemelerden birini çizmiş ve evrimsel ağaç kavramını önemli ölçüde yaygınlaştırmıştır. Bir yüzyıldan daha sonra evrimsel biyologlar evrimi resmetmek için halen ağaç şemalarını kullanıyorlardı zira bu şemalar soyların adaptasyon sonucu ve rastgele ayrılmaları yoluyla oluşan türleşme kavramını etkili bir biçimde aktarabiliyordu. Zamanla tür sınıflandırmaları daha az statik ve daha dinamik hale geldi.
''''''Çeşitleri''''''
'''Köklü Ağaç'''
Köklü filogenetik ağaç, dallardaki tüm elemanların en yakın ortak atalarına karşılık gelen özgün kavşaklara sahip yönlenik bir ağaçtır. Ağaçları köklendirmek için en genel metot sıralama veya karakter özelliğine göre çıkarımlara izin verecek kadar yakın ancak tamamen bir yan grup elde edebilmeye izin veren bağlantısız ve kabul edilebilir bir yan grup kullanılmasıdır.
'''Köksüz Ağaç'''
Köksüz ağaçlar dal ayrımlarının ilişkilerini soylar hakkında hiçbir varsayım yapmadan gösterir. Köksüz ağaçlar her zaman köklülerden sadece kökü çıkararak oluşturulabilirken, bir kök, soyu belirleyici bazı yöntemler olmadan köksüz bir ağaçtan çıkarım yoluyla üretilemez; bu normalde moleküler saat hipotezi uygulaması gibi her bir dala bağıntılı evrim oranları ile ilgili ek varsayımlar katarak veya başlangıç grubuna bir yan grup eklenerek yapılır.
'''Çatallı Ağaç'''
Köklü ve köksüz filogenetik ağaçlar çatallı (iki dala ayrılan) veya çoklu çatallı; ayrıca isimlendirilmiş veya isimlendirilmemiş olabilirler. Bir köklü çatallı ağaç her biri iç düğümden ayrılan iki altsoya sahiptir (yani bir ikili ağaç oluşturur), ve bir köksüz çatallı ağaç her iç düğümünde üç komşuya sahip serbest bir ağaç olan köksüz ikili ağaç şeklini alır. Buna karşın, köklü bir çoklu çatallı ağaçın bazı düğümlerinde ikiden fazla kendi küçük örneklerinden; köksüz bir çoklu çatallı ağacın da bazı düğümlerinde üçten fazla komşusu bulunabilir. İsimlendirilmiş ağaçlar, belirli değerler atanmış dallara sahipken (bazen sadece ağaç modeli olarak anılan) isimlendirilmemiş ağaçlar, bir topolojiyi tanımlar. Belirli dal düğümü sayısını karşılayabilen muhtemel ağaç sayısı o ağacın özel çeşidine bağlıdır ancak her zaman çatallıdan daha çok çoklu çatallı, isimlendirilmişten daha çok isimlendirilmemiş, köklüden daha çok köksüz ağaçlar bulunur. Son ayrım biyolojik olarak en uygun olanıdır; çünkü köksüz bir ağaçta kök koymak için çok fazla alternatif yer vardır.
'''Özel Ağaç Çeşitleri'''
Dendogram bir filogenetik ağacın diyagramsal gösterimi için kullanılan geniş bir terimdir.
Kladogram kladistik metotlar kullanılarak oluşturulan bir filogenetik ağaçtır. Bu tür bir ağaç sadece dallanan bir şekli temsil eder. Başka bir deyişle bu ağacın dal uzunlukları zamanı veya bağıntılı miktardaki karakter değişimini göstermez.
Filogram, karakter değişim miktarıyla orantılı uzunlukta dallara sahip bir filogenetik ağaçtır.
Kronogram, dal uzunluklarıyla evrimsel zamanı açıkça gösteren bir filogenetik ağaçtır.
{{biyoloji-taslak}}
| 