Makoto Kobayashi (Japonca: 小林 誠) (d. 7 Nisan 1944, Nagoya), Japon fizikçi. Parçacık fiziği alanında çalışır. CP ihlali üzerine yaptığı çalışmalarıyla bilinir. 2008 Nobel Fizik Ödülünü "doğada üç farklı kuark ailesinin varlığını ortaya çıkaran kendiliğinden simetri kırılmasını keşfettiği" için aldı.

Makoto Kobayashi

1972'de Nagoya Üniversitesi'nde doktorasını bitirdi. Bu tarihten sonra çeşitli üniversitlelerde görev yaptı.