1999 İtalya Bisiklet Turu, 15 Mayıs-6 Haziran tarihleri arasında gerçekleştirilen İtalya Bisiklet Turu'nun 82. edisyonuydu. 22 etaptan oluşan bu tur toplam 3,757 km (2.334 mil) mesafeliydi.
Geçen yılın Kırmızı mayo ve Yeşil mayo sahibi Marco Pantani, 21 etap öncesinde hematokrit seviyesinin aşırı oluşu nedeniyle diskalifiye edilmeden önce bu yılın olayına liderlik ediyordu. Tüm Mercatane Uno-Bianci yarıştan çekildi. Bu durum, yarışta İvan Gotti'yi Genel klasman birinciliğini elde etmesine ve finalde Kırmızı mayoyu giymesine olanak sağladı. Laurent Jalabert Puan şampiyonu olmasıyla Siklamen mayo'yu elde ettinde; Kolombiyalı Chepe González'de Dağların kralı olarak Yeşil mayoyu elde etti.