1910 yılında Rus gizli polis teşkilatı [[OhraknaOhranka]] tarafından gözaltına alınsa da serbest bırakılacaktır çünlü gözaltındayken Ohranka için ajanlık yapmaya karar vermiştir. Artık bir ajan olarak Bolşevik Partisi kademelerine sızabilecektir. 1912 yılında [[Lenin]]’in desteğiyle Merkez Komitesine dahil edilir. [[Duma]]’da Bolşevikleri temsil eden 6 milletvekilinden birisidir. Gizli ajan olarak birçok önemli Bolşevik liderin (aralarında kendilerini ihbar edenin Malinovski olduğunu bilmeksizin sürgüne gönderilen [[Josef Stalin|Stalin]] ve [[Sverdlov]] da vardır) Sibirya’ya sürgüne gönderilmesine sebep olur. 1913 yılında kendisine gelen ihbarlar üzerine Malinovski’nin ajan olduğunu bildiren [[Menşevik]] lider [[Martov]]’a rağmen Lenin Malinovski’yi savunur. 1914 yılında gerçek kimliği ortaya çıkmasından çekinerek Almanya’ya kaçar. 1.Dünya Savaşı patlak verince Almanlar tarafından savaş esiri olarak enterne edilir. Hala onun yanında olan Lenin, Malinovski’nin tutuklu bulunduğu hapishaneye giyecek vb gönderir.
