Üçüncü tür baştardaya "Baştarda-ı Hümayun" veya "Hünkar baştardası" adı verilmektedir. Bunlar özel olarak Padişah için kullanılmak üzere inşaedileninşa edilen baştardalardır. İlk "Hünkar baştardası" [[Kanuni Sultan Süleyman]] için, Hasbahçede kurulan gemi tezgahında yapılmıştır. Aynı tezgahda sonradan [[II. Selim]], [[III. Murat]] ve [[III. Mehmed]] kendileri için "hünkar baştardaları" yaptırmışlardır. Bu padişahlar Boğaz gezileri icin bazan da "Paşa baştardasını" de kullanmışlardır. II. Selim kaptan-ı derya [[Kılıç Ali Paşa]]'nın, III. Murad kaptan-ı derya Halil PasaPaşa'ninnın, Mehmed III. Mehmed ise kaptan-ı derya CagalogluCığalazade Yusuf Sinan PasaPaşa'ninnın "Paşa baştardası" ile BogazBoğaz gezileri yaptiklariyaptıklari bilinmektedir. En son inşa edilen "Hünkar baştardası" Avcı Sultan [[IV. Mehmed]] a ait olup günümüze kadar muhafaza edilmiştir. Bu "hünkar baştardası" hala [[İstanbul Deniz Müzesi]]nde bulunmaktadır ve ''çekdiriçektiri'' tipi genellikle kürekle hareket eden savaş gemilerinden dünyada eşi bulunmaz şekilde elde kalan tek gemidir.
"Hünkar Baştardası”Baştardası" adı verilen baştardalerın genel özelliği geminin hep yeşil renkte olmasındadır. Geminin teknesi, direği, yelkenleri, kürekleri, tentesi, kıç örtüsü çadırı ve hatta sancağı hep yeşil renkte idi.
Bu çeşit baştardanın seren direğinin ucuna demirden altın yaldızlı bir ek yapılırdı ve bunun ucuna 'pikel' adli kucuk bir fener konurdu. Sultan III. Mehmed'e ait olan "hünkar baştardası"na ÇığalogluCığalzade Yusuf Sinan Paşa, ayniaynı kaptan paşa baştardası gibi, üst üste üç fener koydurulmuş ve bu görenek olarak devam etmiştir. "Hünkar baştardası' hep karpuz kıçlı olarak yapılmıştır.
"Hünkar Baştardası" reisinin Vardiyan Başı olması da adet ve kanundu.
