Efsanelerde geçmişi İSMS 1. yüzyıla değin indirilen Ghumdan adlı eski bir kale üzerinde kuruldu. [[Ali bin Ebu Talib|Ali]] tarafından 632'de müslümanlaştırıldı. [[Zeydiler|Zeydi]] imamlarıyla rakip hanedanlar arasında zaman zaman çatışmalara sahne oldu. Başkenti başta Şadah'ta olan Zeydi İmamlığı, sık sık kesintiye uğramakla birlikte 860'tan 1962'ye değindek ayakta kaldı. Birbirini izleyen istilacıların başkenti başka yerlere taşımaları nedeniyle, San'a, 12-15. yüzyıllar arasında büyük bir gerileme gösterdi. Tahiri hanedanından [[Abdülvahap ibn Tahir]] (1478-88) kente birçok zarif cami ve medrese yaptırdı. 1516'da [[Osmanlı İmparatorluğu|Osmanlı]] egemenliğine giren kentte 17. yüzyılın başlarında yeniden imamların fiili yönetimi başladı. Kenti ancak 1872'de ele geçirebilen Osmanlılarla imamlar arasındaki çatışma 1913'e değinkadar sürdü. Bu tarihten yapılan antlaşmayla imamlar tam bir özerklik elde etti. Osmanlıların [[I. Dünya Savaşı]]'nda yenilgiye uğramasının ardından San'a başkent olmak üzere [[İmam Yahya]] Önderliğindeönderliğinde bağımsızlık ilan edildi. İmam Ahmet döneminde (1948-1962) güneydeki [[Taiz]]'e taşınan başkent, cumhuriyetin kurulduğu 1962'de bir kez daha San'a'ya getirildi. 1990'da Kuzey Yemen'le Güney Yemen'in birleşmesinden sonra yeni devletin de başkenti oldu.
