1649 yılı 15 Ağustos günü Yeni Ordu İrlanda'ya ayak basarak fetih harekâtını başlatır. Yeni Ordu daha önce de İrlanda'da savaşmıştı ancak bu kez işgal birliği ölçeği çok büyüktür. İrlanda seferlerinin zorluğu yüzünden askerler arasında yaşanan huzursuzluk sefere katılacak askerlerin kurayla belirlenmesine yol açmıştır.
İrlanda'da Yeni Ordunun karşısındaki ahenkten uzak monarşi yanlısı ve Katolik ağırlıklı koalisyon askeiaskeri açıdan iyi durumda değildir. Önceki mağlubiyetlerden morali bozulan askerler ilk fırsatta safları terk etmeye hazırlanır konumdadır. Ancak buna rağmen dini inançlarının baskı altında olduğunu hisseden ve torpaklarına el konulan yerel İrlandalılardan oluşan milisler direnişe devam etmekte kararlıdır. Özellikle bu birlikler nedeniyle Yeni Ordu askeri başarı kazansa da yüksek kayıplar vermiştir. Özellikle bazı kuşatmalarda<ref>Örneğin Clonmel, Limerick, Waterford, Galway ve Charlemont Kuşatmaları</ref> ağır kayıplar veren Yeni Ordu birlikleri soğuk ve salgın hastalıklardan da zayıflamıştır. İrlandalılar savaş sırasında [[gerilla]] taktiklerini de kullanmış, erzak ikmal hatlarına ve erzak depolarına saldırılar gerçekleştirmiştir. Yeni Ordu bu saldırılara cevaben bazı köyleri boşaltmaya kalkınca nüfus içinde yaygın olarak kıtlık yaşanmıştır. Toplamda İrlanda'da 1649-1653 yılları arasında 43 bin İngiliz askerinin yanı sıra 9 bin İrlandalı Protestan savaşmıştır. Savaşın ardından 12 bin askere İrlandalı Katoliklerden alınan ve el konulan topraklar verilmiştir. Bazıları bu haklarını yerel İrlandalılara satacak yaklaşık 7 bin dolayında asker ise İrlanda'ya yerleşecektir.
