Dava öncesinde tutuklu bulunan 50 sanıktan 24'ü, 4959 sayılı Topluma Kazandırma Yasası kapsamında af ve ceza indirimi talebinde bulundu.<ref>{{Haber kaynağı |başlık=Katliam pişmanları! |gazete=Milliyet |tarih=13 Şubat 2004 |ilk=Esra |son=Alus |yer=İstanbul |sayfa=13}}</ref> İstanbul 2 Numaralı Devlet Güvenlik Mahkemesi'ndeki davanın ilk duruşması 31 Mayıs'ta, 12 sanığın dinlenmesiyle başladı ve beş güne yayılan beş oturum hâlinde gerçekleştirildi. İlk oturumda, Devlet Güvenlik Mahkemelerinin kaldırıldığı belirtilerek 2845 sayılı "DGM'lerin Kuruluş ve Yargılama Usulleri Hakkında Kanun"un halenhâlen yürürlükte olmasına karşın bu kanunun dayanağı olan Anayasa'nın 143. maddesi yürürlükten kalkmış olması sebebiyle davanın esasla ilgili herhangi bir işlem yapılmaması ve yeni yasanın beklenmesine hükmedildi.<ref>{{Haber kaynağı |başlık='El Kaide davası'na AB'ye uyum molası |gazete=Milliyet |tarih=1 Haziran 2004 |ilk=Esra |son=Alus |yer=İstanbul |sayfa=18}}</ref><ref>{{web kaynağı |url=http://hurarsiv.hurriyet.com.tr/goster/haber.aspx?id=229885 |başlık=El Kaide davasında yetkisizlik kararı |yayımcı=''Hürriyet'' |tarih=31 Mayıs 2004 |yer=İstanbul |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151031195914/http://hurarsiv.hurriyet.com.tr/goster/haber.aspx?id=229885 |arşivtarihi=31 Ekim 2015}}</ref> 1 Haziran'da gerçekleştirilen ikinci oturumda da 12 sanık dinlenirken tutuklu durumda bulunan sanıkların tahliye talebi mahkeme tarafından reddedildi.<ref>{{Haber kaynağı |başlık=El Kaide davasında tahliye yok |gazete=Milliyet |tarih=2 Haziran 2004 |yer=İstanbul |sayfa=17}}</ref> 2 Haziran'daki oturumda 14 sanık dinlenirken<ref>{{Haber kaynağı |başlık=Mahkemeyi karıştıran avukat |gazete=Milliyet |ilk=Esra |son=Alus |tarih=3 Haziran 2004 |yer=İstanbul |sayfa=17}}</ref> tutuklu yargılanan Ahmet Aslanoğlu tahliye edildi.<ref>{{web kaynağı |url=http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/06/02/468579.asp |başlık=Yetkisiz mahkemeden tahliye kararı |yayımcı=''Hürriyet'' |tarih=2 Haziran 2004 |yer=İstanbul |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151031194658/http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/06/02/468579.asp |arşivtarihi=31 Ekim 2015}}</ref> 10 sanığın dinlendiği 3 Haziran'daki dördüncü oturumda,<ref>{{Haber kaynağı |başlık='Sahneye de çıkarım İsrail için de çalışırım' |gazete=Milliyet |ilk=Esra |son=Alus |tarih=4 Haziran 2004 |yer=İstanbul |sayfa=16}}</ref> tutuklu sanıklardan Bülent Tozoğlu ile İsmet Alçık'ın tahliyesine karar verildi.<ref>{{web kaynağı |url=http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=118387 |başlık='Bomba'da tahliye üçledi |yayımcı=''Radikal'' |tarih=4 Haziran 2004 |yer=İstanbul |arşivurl=https://web.archive.org/web/20050318112704/http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=118387 |arşivtarihi=18 Mart 2005}}</ref> 4 Haziran'daki beşinci ve son oturuma ise 18 sanığın katılımıyla ilk duruşma tamamlandı.<ref>{{web kaynağı |url=http://arsiv.sabah.com.tr/2004/06/05/gnd108.html |başlık=Sarıoğlu hakkında 'gereği' yapılacak |yayımcı=''Sabah'' |tarih=5 Haziran 2004 |yer=İstanbul, Ankara |ilk1=Veli |son1=Sarıboğa |ilk2=Ersan |son2=Atar |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151031194820/http://arsiv.sabah.com.tr/2004/06/05/gnd108.html |arşivtarihi=31 Ekim 2015}}</ref> Öte yandan oturumlar sırasında ayakta duran ve bunun gerekçesini "Müslüman bir kişi olarak laik rejim karşısında oturup kalkmak istemiyorum. Bu durumu temel hak ve özgürlüklerle de bağdaştıramıyorum." sözleriyle ifade eden bazı sanıkların avukatı Abdurrahman Sarıoğlu hakkında, bu söylemleri sebebiyle Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı ile İstanbul Baro Başkanlığına suç duyurusunda bulunuldu.<ref>{{web kaynağı |url=http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/06/05/470360.asp |başlık=Laiklik karşıtı avukata suç duyurusu |yayımcı=''Hürriyet'' |ilk1=Ayşegül |son1=Usta |ilk2=Mustafa |son2=Özdabak |yer=İstanbul |tarih=5 Haziran 2004 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20130123112241/http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/06/05/470360.asp |arşivtarihi=23 Ocak 2013}}</ref><ref>{{web kaynağı |url=http://arsiv.ntv.com.tr/news/272911.asp |başlık=İstanbul saldırıları davasında avukata suç duyurusu |yayımcı=NTV.com.tr |tarih=4 Haziran 2004 |yer=İstanbul |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151031201208/http://arsiv.ntv.com.tr/news/272911.asp |arşivtarihi=31 Ekim 2015}}</ref>
29 Haziran'da gerçekleşen davanın ikinci duruşmasının ilk oturumunda Serkan Altay tahliye edildi.<ref>{{web kaynağı |url=http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/06/29/482193.asp |başlık=El Kaide Davası'nda bir tahliye |yayımcı=''Hürriyet'' |tarih=29 Haziran 2004 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151031202028/http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/06/29/482193.asp |arşivtarihi=31 Ekim 2015}}</ref> 30 Haziran'daki ikinci oturum, anayasa ve yasa değişikliği sebebiyle İstanbul 10. [[Türkiye'deki ağır ceza mahkemeleri|Ağır Ceza Mahkemesi]] sıfatıyla gerçekleştirildi. Bu oturumda Ziya Çelik tahliye edildi.<ref>{{web kaynağı |url=http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/07/01/483317.asp |başlık=Bombacının tutuklu eşi: Kocam cani |yayımcı=''Hürriyet'' |tarih=1 Temmuz 2004 |ilk=Ayşegül |son=Usta |yer=İstanbul |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151031202133/http://webarsiv.hurriyet.com.tr/2004/07/01/483317.asp |arşivtarihi=31 Ekim 2015}}</ref> 12 tutuklu sanığın dinlendiği 1 Temmuz'daki üçüncü oturumda Ahmet Aydoğmuş, Ahmet Özaydın, Badettin Yıldırım, Hıdır Elibol, Harun Gecü ve Mehmet Kuş serbest bırakıldı.<ref>{{web kaynağı |url=http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=120963 |başlık='Afganistan'da eğitim aldık' |yayımcı=''Radikal'' |tarih=2 Temmuz 2004 |yer=İstanbul |arşivurl=https://web.archive.org/web/20050421053346/http://www.radikal.com.tr/haber.php?haberno=120963 |arşivtarihi=21 Nisan 2005}}</ref> 2 Temmuz günü yapılan duruşmanın son oturumunda 16 tutuksuz sanığın ifadesi alındı.<ref>{{web kaynağı |url=http://www.zaman.com.tr/gundem_dgm-de-baslayan-el-kaide-davasi-agir-ceza-da-suruyor_65742.html |başlık=DGM'de başlayan El Kaide davası Ağır Ceza'da sürüyor |yayımcı=''Zaman'' |tarih=3 Temmuz 2004 |ilk=Deniz |son=Aydın |arşivurl=https://web.archive.org/web/20151031202159/http://www.zaman.com.tr/gundem_dgm-de-baslayan-el-kaide-davasi-agir-ceza-da-suruyor_65742.html |arşivtarihi=31 Ekim 2015}}</ref>
