Carlos, [[Habsburg Hanedanı]]'nında gelen İspanya Kralı [[IV. Felipe]] ve ikinci karısı (aynı zamanda yeğeni) Avusturyalı Mariana'nın hayatta kalan tek erkek evlatlarıydı. Felipe'nin erkek varis bırakamayacağından korkan İspanyollar Carlos'un doğumunun ardından büyük kutlamalar yaptılar.Ancak Carlos'un yaşamı,hem kendisi hem de çevresindekiler için,doğumu kadar mutluluk verici olmayacaktı.
Habsburg Hanedanı'nın üyeleri sık sık kendi aralarında akraba evlilikleri yapıyorlardı,bu yüzden dünyaya gözlerini açan bir Habsburg bebeğinin problemli bir genetik yapıdan ve bu yapıya bağlı çeşitli hastalıklardan muzdarip olması kuvvetle muhtemeldi.Hem fiziksel hem zihinsel engelli olan II.Carlos'un durumu da bunun acı bir örneğiydi.
Carlos İspanyol tarihinde ''Büyülü'' (''El Hechizado'') olarak bilinir. Popüler bir inanca göre engelliliğinin sebebi akraba evlilikleri değil krala yapılan büyüdür.Ancak bilimsel ve nesnel bir bakış açısı bizi zavallı kralın hayatı boyunca çektiği bütün acıların nedenine rahatça götürecektir.
Kralın soyağacında pek çok yeğeni ile evlenen amca/dayı vardır. Annesi de babasının yeğeni ve İspanyalı Maria Anna ile İmparator III. Fernando'nun kızlarıdır. Ayrıca, büyük annesi İmparatoriçe Maria Anna aynı zamanda halasıdır. O dönemlerde insanlar derin bir [[Hristiyanlık]] inancı içinde olduklarından ve genetik faktörleri bilmediklerinden, kralın içinden şeytan çıkarmaya çalıştılar. Carlos'un büyük büyük annesi Joanna da "Deli Joanna" olarak biliniyordu ve genç yaşında akli dengesini yitirmişti. Joanna aynı zamanda İspanya kralı I. Carlos'un annesiydi.
Carlos,Habsburg Hanedanı'nın son üyesiydi.Daha önce de belirtildiği gibi hem fiziksel hem zihinsel engelliydi.Yüzünde portrelerinde de çok bariz belli olan ve"Habsburg çenesi"("Habsburg dudağı" diyenler de vardır.)olarak adlandırılan bir deformasyon vardı.Yediklerini çiğneyemiyor,ağzından sürekli salya akıyordu.Zeka geriliğinden muzdaripti.Büyümesi ve gelişimi olağan seyrinde ilerlemedi.Beş yaşına kadar anne sütüyle beslenen Carlos dört yaşına kadar konuşamadı,sekiz yaşına kadar yürüyemedi.On yaşına kadar kendisine bebek gibi bakıldı.Kötü sağlık durumu nedeniyle herhangi bir resmi eğitim de alamadı.
