Vikipedi

Gen Ontolojisi: Revizyonlar arasındaki fark

Etkileşimli olarak geçmişe göz at
[kontrol edilmiş revizyon][kontrol edilmiş revizyon]
← Önceki sürümle aradaki farkSonraki sürümle aradaki fark →
İçerik silindi İçerik eklendi
GörselVikimetin
Khutuck Bot (mesaj | katkılar)
Botlar
1.112.960 değişiklik
k Kaynaklar ve referanslarda düzenleme
InternetArchiveBot (mesaj | katkılar)
Botlar
776.695 değişiklik
Rescuing 19 sources and tagging 0 as dead.) #IABot (v2.0
17. satır:
GO sabit değildir, ve ekleme, düzeltme ve değiştirme önerileri hem araştırma ve notlama topluluğu üyelerinden hem de doğrudan GO projesine dahil olan kişilerden gelir ve yine bu kişilerden istenir. Örneğin, bir notlayıcı bir metabolik patikayı temsil edecek özgül bir terim talep edebilir, ya da ontolojinin bir kısmı topluluk uzmanlarının yardımıyla gözden geçirilebilir (örn.<ref name="pmid17267433">{{Dergi kaynağı | yazar = Diehl AD, Lee JA, Scheuermann RH, Blake JA | başlık = Ontology development for biological systems: immunology | journal = Bioinformatics | cilt = 23 | sayı = 7 | sayfalar = 913–5 |tarih=Nisan 2007 | pmid = 17267433 | doi = 10.1093/bioinformatics/btm029 }}</ref>). Önerilen düzenlemeler ontoloji editörleri tarafından değerlendirilir ve uygun olduklarında yürürlüğe geçirilir.
 
GO ontoloji dosyası GO websitesinden <ref name="urlGene Ontology Database">{{Web kaynağı | url = http://amigo.geneontology.org/ | başlık = Gen Ontolojisi Veritabanı | yayıncı = Gen Ontolojisi Konsorsiyumu | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20140109081918/http://amigo.geneontology.org/ | arşivtarihi = 9 Ocak 2014 | erişimtarihi = 26 Kasım 2014 | ölüurl = no }}</ref> farklı dosya biçimleriyle ücretsiz olarak edinilebilir, ya da GO tarayıcısını kullanarak çevrimiçi erişilebilir [http://amigo.geneontology.org/ AmiGO]. Gen Ontolojisi projesi ayrıca [httphttps://wwwweb.archive.org/web/20140625070643/http://geneontology.org/GO.indices.shtml terimlerinin başka sınıflandırma sistemleriyle eşleştirme] dosyalarını da sağlamaktadır.
 
===Örnek GO terimi===
31. satır:
is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
 
Veri kaynağı:<ref>{{Web kaynağı | url = http://www.geneontology.org/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo | başlık = gene_ontology.1_2.obo | erişimtarihi = 16 Mart 2009 | yazar = GO Konsorsiyumu | tarih = 16 Mart 2009 | biçim = OBO 1.2 düz dosya | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20151006032626/http://www.geneontology.org/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo | arşivtarihi = 6 Ekim 2015 | ölüurl = no }}</ref>
 
==Notlama==
[[Genom projesi#Genom notlaması|Genom notlaması]] bir gen ürününe dair veri yakalama pratiğidir ve GO notlamaları bunun için GO ontolojisindeki terimleri kullanır. GO Konsorsiyumunun üyeleri kendi notlamalarını entegrasyon ve dağıtım için GO websitesine gönderirler, notlamalar bu sitede [https://web.archive.org/web/20100322202832/http://www.geneontology.org/GO.current.annotations.shtml doğrudan indirilebilirler] ya da [http://amigo.geneontology.org/ AmiGO] kullanarak çevrimiçi görüntülenebilirler. Gen ürünü belirteci ve ilgili GO terimine ek olarak, GO notlamalarında şu veriler bulunur:
*Notlamayı yapmakta kullanılan ''atıf'' (örn. bir dergi makalesi)
*Notlamanın dayandırıldığı kanıt tipini belirten bir ''kanıt kodu''
*Notlamanın tarihi ve yaratıcısı
 
Kanıt kodu, hem manüel hem otomatik notlama yöntemlerini kapsayan bir denetli söz dağarcığı olan [https://web.archive.org/web/20091126060344/http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=evidence_code Kanıt Kodu Ontolojisinden] gelir. Örneğin, ''İzlenebilen Yazar Beyanı'' (Traceable Author Statement - TAS) bir küratörün yayınlanmış bir bilimsel makaleyi okumuş olduğu ve bu notlamadaki üstverinin bu makaleden bir alıntı taşıdığı anlamına gelir; ''Dizi Benzerliğinden Çıkarım'' (Inferred from Sequence Similarity - ISS) bir küratörün bir dizi benzerliği aramasına ait çıktıyı değerlendirmiş ve biyolojik anlam taşıdığını geçerlemiş olduğu anlamına gelir. Otomatik süreçlerden (örn. başka bir notlama söz dağarcığı kullanarak yaratılmış notlamaların yeniden eşleştirilmesi) gelen notlamalara ''Elektronik Notlamadan Çıkarım'' (Inferred from Electronic Annotation - IEA) kodu verilir. 1 Nisan 2010 itibarıyla bütün GO notlamalarının %98'den fazlası hesaplamalı olarak çıkarsanmıştı, küratörler tarafından değil.<ref name="urThe what, where, how and why of gene ontology—a primer for bioinformaticians — Brief Bioinform">{{Web kaynağı | doi = 10.1093/bib/bbr002 | başlık = The what, where, how and why of gene ontology—a primer for bioinformaticians — Brief Bioinform | eser = | erişimtarihi =7 Haziran 2011| arşivengelli = evet}}</ref> Bu notlamalar bir insanın muayenesinden geçmemiş olduğundan, GO Konsorsiyumu bunları daha az güvenilir görmektedir ve AmiGO'da çevrimiçi olarak sunulan verilere bunların yalnızca bir altkümesini dahil etmektedir. Tam notlama veri kümeleri [http://www.geneontology.org/ GO websitesinden] indirilebilir. Notlamanın gelişimini desteklemek için, GO Konsorsiyumu yeni geliştirici gruplara çalışma kampları ve mentorlar sağlamaktadır.
 
===Örnek notlama===
Gen ürünü: Actin, alpha cardiac muscle 1, [https://web.archive.org/web/20121105170023/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-details.cgi?gp=UniProtKB:P68032 UniProtKB:P68032]
GO terimi: [https://web.archive.org/web/20121105170057/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term-details.cgi?term=GO:0060047 heart contraction ; GO:0060047] (biyolojik süreç)
Kanıt kodu: Mutant Fenotipinden Çıkarım (Inferred from Mutant Phenotype - IMP)
Atıf: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17611253 PMID 17611253]
Atayan: UniProtKB, 6 Haziran 2008
 
Veri kaynağı:<ref>{{Web kaynağı | url = http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-assoc.cgi?gp=UniProtKB:P68032 | başlık = AmiGO: P68032 Associations | erişimtarihi = 16 Mart 2009 | yazar = GO Konsorsiyumu | tarih = 16 Mart 2009 | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20121105170204/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-assoc.cgi?gp=UniProtKB:P68032 | arşivtarihi = 5 Kasım 2012 | ölüurl = yes }}</ref>
 
==Araçlar==
GO projesinin sağladığı verileri kullanan, hem çevrimiçi hem de indirerek kullanılabilecek çok sayıda araç bulunmaktadır<ref name="pmid18480123">{{Dergi kaynağı | yazar = Mosquera JL, Sánchez-Pla A | başlık = SerbGO: searching for the best GO tool | journal = Nucleic Acids Res. | cilt = 36 | sayı = Web Server issue | sayfalar = W368–71 |tarih=Temmuz 2008 | pmid = 18480123 | pmc = 2447766 | doi = 10.1093/nar/gkn256 }}</ref>. Bunların muazzam çoğunluğu üçüncü taraflardan gelir; GO Konsorsiyumu araçlardan iki tanesini geliştirip desteklemektedir, '''AmiGO''' ve '''OBO-Edit'''.
 
'''AmiGO'''<ref>{{cite doi|10.1093/bioinformatics/btn615}}</ref>, kullanıcıların ontolojileri ve gen ürünü notlama verilerini sorgulamasına, taramasına ve görselleştirmesine olanak veren web-tabanlı bir uygulamadır. Ayrıca, bir [[BLAST]] aracı,<ref>[{{Web kaynağı |url=http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/blast.cgi |başlık=AmiGO BLAST aracı] |erişimtarihi=26 Kasım 2014 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20110820101145/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/blast.cgi |arşivtarihi=20 Ağustos 2011 |ölüurl=yes }}</ref> daha büyük veri kümelerinin analizine olanak veren araçları,<ref>[http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term_enrichment AmiGO Terim Zenginleşim aracı] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20080407005338/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term_enrichment |date=7 Nisan 2008 }}; bir notlama kümesinde paylaşılan belirgin GO terimlerini bulur</ref><ref>[http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/slimmer AmiGO İnceltici] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20110929141146/http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/slimmer |date=29 Eylül 2011 }}; granüler notlamaları üst-düzey terimlere kadar eşleştirir</ref> ve GO veritabanını doğrudan sorgulamak için bir arayüzü de bulunur.<ref>[http://berkeleybop.org/goose GOOSE] {{Webarşiv|url=https://web.archive.org/web/20090301041914/http://berkeleybop.org/goose |date=1 Mart 2009 }}, GO Çevrimiçi SQL Ortamı; GO veritabanına dönük doğrudan SQL sorgulamasına olanak verir</ref>
 
AmiGO GO Konsorsiyumunun sağladığı verilere erişmek için GO websitesinde çevrimiçi olarak kullanılabilir, ya da GO veritabanı şemasına uygun herhangi bir veritabanı üzerinde yerel kullanım için indirilerek kurulum yapılabilir (örn.<ref>{{Web kaynağı | url = http://plantontology.org/amigo/go.cgi | başlık = Bitki Ontolojisi Konsorsiyumu | erişimtarihi = 16 Mart 2009 | yazar = Bitki Ontolojisi Konsorsiyumu | tarih = 16 Mart 2009 | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20151018122421/http://www.plantontology.org/amigo/go.cgi | arşivtarihi = 18 Ekim 2015 | ölüurl = no }}</ref>). Özgür bir [[açık kaynak]]lı yazılımdır ve go-dev yazılım dağıtımının bir parçası olarak sunulmaktadır.<ref name="sfdl">{{Web kaynağı | url = http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=36855 | başlık = SourceForge'da Gen Ontolojisi dosyaları | erişimtarihi = 16 Mart 2009 | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20090508045811/http://sourceforge.net:80/project/showfiles.php?group_id=36855 | arşivtarihi = 8 Mayıs 2009 | ölüurl = no }}</ref>
 
'''OBO-Edit'''<ref>{{cite doi|10.1093/bioinformatics/btm112}}</ref>, Gen Ontolojisi Konsorsiyumu tarafından geliştirilip sürdürülen, açık kaynaklı, platformdan-bağımsız ontoloji düzenleyicisidir. [[Java (programlama dili)|Java]]'da yazılmıştır ve ontolojilerin görüntülenmesi ve düzenlenmesinde [[Çizge kuramı|çizge-yönelimli]] bir yaklaşım kullanır. OBO-Edit kapsamlı bir arama ve süzme arayüzü, ve terimlerin görsel olarak ayırt edilmesi için altkümeleri çizdirme seçeneği içermektedir; kullanıcı arayüzünü kullanıcı tercihlerine göre özelleştirilmesi de mümkündür. OBO-Edit'te ayrıca açıkça beyan edilmemiş bağlantıları mevcut ilişkilerine ve özelliklerine dayalı olarak çıkarsayabilen bir semantik akıl yürütücü de bulunmaktadır. Biyomedikal ontolojiler için geliştirilmiş olsa da, OBO-Edit herhangi bir ontolojiyi görüntülemek, aramak ve düzenlemek için kullanılabilir. Ücretsiz olarak indirilebilmektedir.<ref name="sfdl" />
 
== GO Konsorsiyumu ==
GO Konsorsiyumu GO projesine etkin olarak dahil olan [[biyolojik veritabanı|biyolojik veritabanlarının]] ve araştırma gruplarının kümesidir.<ref name="gocons">{{Web kaynağı | başlık = GO Konsorsiyumu | url = http://www.geneontology.org/GO.consortiumlist.shtml | erişimtarihi = 16 Mart 2009 | arşivurl = httphttps://web.archive.org/web/20140702094310/http://www.geneontology.org:80/GO.consortiumlist.shtml | arşivtarihi = 2 Temmuz 2014 | ölüurl = no }}</ref> Bunlar, çeşitli [[model organizma]] veritabanlarını, çok-türlü protein veritabanlarını, yazılım geliştirme gruplarını, ve tahsis edilmiş editoryal bir büroyu içerir.
 
==Tarih==
76. satır:
*[http://gowiki.tamu.edu/wiki/index.php/Main_Page GONUTS Wiki] — üçüncü taraf GO terimi belgelendirmesi, birçok başlıca [[model organizma]] veritabanındaki GO notlamalarına bağlantılar içerir.
*[http://www.geneontology.org/GO.tools.annotation.shtml#gocat GOCat] — Biyomedikal Metinlerin İşlevsel Notlamasına yardımcı Otomatik GO Kategorileyici/Tarayıcı; yüksek-hacimli deneylerce üretilen protein ve gen isim listelerini işlevsel olarak karakterize etmekte kullanışlıdır
*[https://web.archive.org/web/20141224061315/http://protein-ontology.org/ Protein Ontolojisi Projesi] — Protein Ontolojisi (PO), PO ve kullanımlarını tarif eden kaynak belgeler.
*[http://bitem.hesge.ch/content/eagli-eagle-eye EAGLi] — MEDLINE için terminolojiye-dayalı (Gen Ontolojisi, [[Swiss-Prot]] anahtar sözcükleri, vb.) bir biyomedikal soru yanıtlama motoru
*[https://web.archive.org/web/20170930131716/http://brainarray.mbni.med.umich.edu/Brainarraybrainarray/prototype/PubOnto/ PubOnto] — Gen Ontolojisi ve diğer ontolojilere dayanan Medline Dolaşılması.
*[http://www.wikiprofessional.org WikiProfessional] — muğlaksızlama, bilgi üretimi ve işbirlikçi zeka.
*[https://web.archive.org/web/20120828100848/http://tagc.univ-mrs.fr/SimCT/ SimCT] — bir ontolojiye notlanmış biyolojik nesneler arasındaki ilişkilerin bir öbekleme ağacı biçiminde görüntülenmesi için web-tabanlı araç.
*[https://web.archive.org/web/20120419000901/http://estbioinfo.stat.ub.es/apli/serbgo/ SerbGO] — farklı programların yeteneklerini karşılaştıran, ortak özelliklerini ve farklarını gösteren, kullanıcının özgül olarak gereksindiği yeteneklere hangi araçların (eğer varsa) sahip olduğunu gösteren bir GO aracı
*[http://supfam.org/SUPERFAMILY/dcGO Saha-merkezli Gen Ontolojisi] — işlevler, fenotipler, hastalıklar ve dahası üzerine saha-merkezli ontolojilerin veritabanı
*[http://go2pub.genouest.org GO2PUB] — gen ontolojisi terimlerinin semantik genişletilmesi ile PubMed'in sorgulanması
"https://tr.wikipedia.org/wiki/Gen_Ontolojisi" sayfasından alınmıştır