Düşük numune ihtiyacı ve yüksek hassalığı sebebi ile MS [[Glikobiyoloji|glikobiyolojide]] [[glikan yapı]]<nowiki/>ların açıklanması ve karekterizasyonu için sıkça kullanılır.<ref>{{Cite book|vauthors=Apte A, Meitei NS|title=Bioinformatics in glycomics: glycan characterization with mass spectrometric data using SimGlycan|volume=600|pages=269–81|year=2009|pmid=19882135|doi=10.1007/978-1-60761-454-8_19|isbn=978-1-60761-453-1|series=Methods in Molecular Biology}}</ref> MS glikanların analizi için HPLC' yeyi tamalayıcıtamamlayıcı metod olarak kullanılır. Tüm haldeki glikanlar MALDI-MS ile tek yüklü iyon olarak belirlenebilirler veya permetilasyon ve perasetilasyonu takiben, hızlı atom bombardımanı MS (fast atom bombardment mass spectrometry, FAB-MS) aracılığıyla belirlenebilirler.<ref>{{Cite book|vauthors=Harvey DJ, Dwek RA, Rudd PM|title=Determining the structure of glycan moieties by mass spectrometry|journal=Current Protocols in Protein Science|volume=Chapter 12|pages=12.7.1–12.7.18|date=March 2006|pmid=18429296|doi=10.1002/0471140864.ps1207s43|isbn=978-0-471-14086-3}}</ref> Bunlara ek olarak ise ESI-MS küçük glikanlar için güçlü sinyaller verir. <ref>{{cite journal|vauthors=Blow N|title=Glycobiology: A spoonful of sugar|journal=Nature|volume=457|issue=7229|pages=617–20|date=January 2009|pmid=19177129|doi=10.1038/457617a|bibcode=2009Natur.457..617B}}</ref> Glikan yapı karakterizasyonuna yardımcı ve MS verisini yorumlayan çeşitli bedava ve ticari yazılımlar mevcuttur.
