II. AleksAleksios'tendan sonra tahta çıkan III. AndronikAndronikos Komnenos döneminde ilk kez iç savaş ve Büyük Düka John önderliğinde isyan çıkmıştır. Bunun sebebi Andronik'in tahta çıkar çıkmaz kardeşlerini öldürtmesidir. Halk bunu hoş karşılamayarak onun soyunu tahttan men etmiş yerine ise Gürcü lider Bekha'nın diğer torunu Basil[[Trabzonlu KomneneBasileus Komnenos|Basileus Komnenos]]'u tahta çıkarılmıştır. BasilBasileus döneminde merkezi otorite iyice zayıflamış Samsonlar, Tzanikhitiler, Kamakheniler gibi yerli aileler kendi topraklarında özerk hareket etmeye başlamışlardır. BasilBasileus bu hareketlerin önünü alabilmek için Büyük Düka [[Lekes Tzatzintza]] ile oğlu Trabzon Ordusu'nun başkomutanı Tzamba'ya suikast düzenletmiştir. BasilBasileus'inun yerel lordları öldürmesiyle gerginleşen ortama halkın hoş bakmadığı başka durumlar da eklenince bir Güneş tutulmasında halk imparatora başkaldırmıştır. Daha sonra BasilBasileus'iu zehirleyen ilk eşi Trabzon tahtına oturmuştur. Fakat o da BasilBasileus'inun kendisini bırakarak evlendiği ikinci eşi Trabzonlu İrene[[İrini Paleologina (Trabzon imparatoriçesi)|İrini]]'yi ülkeden kovunca tekrar iç savaş çıkmıştır. Karadenizli KomnenelerinKomnenosların haricinde birinin, kendilerinden olmayan bu İstanbullu Kraliçenin tahtta oturmasından rahatsız olan yerlilerden Sebastian Tzanikhiti ve diğer yerli kabileler Aziz Eugene Kilisesi'ni ele geçirmişlerdir. Daha sonra İstanbul'dan gönderilen kuvvetler bu isyanı bastırıp ele başlarını idam ettirseler de Laz Lordlarından Anakhoutlu'nun torunu II. AleksAleksios'inun kızı [[Anna Anakutlu Komnini|Anna]], yerli askerlerin yardımıyla Trabzon tahtını ele geçirmiş, İstanbullu Kraliçeyi de İstanbul'a geri göndermiştir. Anna'nın tahta geçmesi yerlilerin güçlenmesi Roma'nın bölgedeki etkinliğini kaybetmesi demekti. Bu yüzden İstanbul, hemen Trabzon tahtına geçmesi için -ve Doğu Roma taraftarı olması için- Michael[[Mihail Komnenos|Mihail]]'i desteklemek üzere 3 gemi asker göndermiştir. Romalılar tarafından törenlerle yeni hükümdar ilan edilen MichaelMihail'in hakimiyetine başta sessiz kalınır gibi görünülse de hemen sabahına sarayı basan [[Lazlar]], MichaelMihail'i yaka paça dışarı atmış gemilerle gelen Doğu Romalıları da öldürmüşlerdir.<ref>Michael Panaret - Kronik, 10.11.</ref> Fakat daha sonra Ceneviz gemileriyle Trabzon'a gelen [[III. Johnİoannes Komnenos|III. İoannes]], İmparatoriçe Anna'yı boğdurarak başa geçmiştir.
Trabzon İmparatorluğu 1340'larda büyük bir [[veba]] salgınıyla sarsılmıştır. Ardından İtalyanlar Giresun'u yağmalamışlardır. Bu olaylar üzerine Türkmenler de büyük bir orduyla gelerek imparatorluğu ele geçirmeye çalışmışlarsa da çok ciddi kayıplar vererek geri çekilmek zorunda kalmışlardır.<ref>A. Hahanov - Panaret'in Trabzon Tarihi, 2004 Trabzon, s. 73.</ref>
[[III. AleksAleksios Komnenos|III. Aleksios]] iç çatışmalara bir son vermeyi amaçlamış ve bunu büyük ölçüde başarmıştır. Onun döneminde John Tzanikhiti'nin, Gümüşhane'deki Tzantzak/[[Canca Kalesi]]’ni ele geçirmesi gibi küçük anlaşmazlıklar da yaşanmıştır.
