Justin'in ebeveynleri 27 Mayıs 19971977'de boşandıklarını ve Justin'in vekaletinin babasına kalacağını açıkladılar. Bu tarihte Justin sadece beş yaşındaydı. Bu olaydan yıllar sonra bile çiftin barışıp tekrar yuva kurduklarına dair bir çok söylenti döndü. Annesinin avukatı 16 Kasım 1983 tarihinde Toronto Yüksek Mahkemesine, iki trafaın da suçlu olmadığı bir boşanma yaşandığını belirtti. 1984 senesinde ise babası başbakanlık görevinden istifa etti. Bu sürede verilen yeni anlaşmaya göre Justin'in vekaleti anne-baba arasında paylaşılacaktı. 1979'da Justin'in dadısı bir röportajda şöule söyledi:"Justin annesine çok bağlı olan çocuklardan, kolyalıkla incinebiliyor ve onun bakıcısı olmak da kolay bir iş değil. Ama gerçekten çok şanslı bir çocuk." Justin ise 2009'da verdiği bir röportajda ailesinin boşanması ile ilgili şunları söykemişti:"Annem ve babam birbirlerini çok büyük tutkuyla sevdi, ancak babamın hayatındaki unsurlar; görevi ve ulusu annemin ilişkideki eşitliğini bozmuş gibiydi."
Trudeau doğumundan, babasının başbakanlığından istifa etmesine kadar 24 Sussex Drive'da yaşadı. Buradan ayrıldıktan sonra Trudeaular ev arayışına girdi. Bu sırada Pierre Trudeau, oğlunun arkadaşı MP Don Johnston'un yazlık evinde ve yaz aylarının geri kalanı için Kuzey Vancouver'daki duygusal dedesi için uzun süre tatil geçirdi.
