Mayotte Adası 1841 yılında Fransa tarafından satın alınıp yönetilmeye başlandı. 1974 yılında bağımsızlık için yapılan referandumda Mayotte Adası, Komorlar Ada Takımı içinde bağımsızlığa karşı çıkıp Fransa'ya bağlı kalmayı tercih eden tek ada olmuştur. Bunun neticesinde diğer adalar Komorenler olarak bağımsızlığını kazanırken, Mayotte, Fransa'ya bağlı bir ada olarak kalmıştır.
Komoren Ada ülkesi ise o tarihten bu yana Mayotte'yi kendi vatan toprağı olarak görmektedir ve buranın Fransa toprağı olduğunu reddetmektedir. Bu düşüncelerine dayanak olarak 1979 yılında Birleşmiş Milletler'de alınan bir kararı göstermektedir.
Bu sorun günümüzde de hala sürmektedir ve Komorenler adayı kendisine ait bir parça olarak görmektedir. Hatta bu bağlamda 2002 yılında kabul edilen yeni bayraklarında kendisine ait dört adayı (Mayotte dahil) dört farklı renk ile göstererek belirginleştirmiştir.
