Canikli, 1993 yılında Maliye Başmüfettişliğine atandı. Aynı yıl Gelirler Daire Başkanlığı ve 1996 yılında Genel Müdür Yardımcılığı görevini üstlendi. Ocak 1977 tarihinde İstanbul Defterdarlığına atandı,.<ref>{{web kaynağı|url=http://www.ist-def.gov.tr/album/onceki_defterdarlar.php|başlık=Önceki defterdarlarımız|yayımcı=İstanbul Defterdarlığı| erişimtarihi = 7 Eylül 2016| arşivurl =https://web.archive.org/web/20160907152421/http://www.ist-def.gov.tr/album/onceki_defterdarlar.php|yıl=2014 | arşivtarihi = 7 Eylül 2016| ölüurl =no}}</ref> [[54. Türkiye Hükûmeti]]'nin düşmesi sonucu Temmuz 1997 tarihinde görevinden alınınca memuriyetinden istifa etti. Yeminli mali müşavirlik şirketinin ortağı olarak faaliyette bulundu. Ayrıca 5 yıl ''[[Yeni Şafak]]'' gazetesinde ekonomi ve finans konularında köşe yazarlığı yaptı.<ref>http://www.sozcu.com.tr/2014/genel/nurettin-canikli-kimdir-nurettin-caniklinin-hayati-589075/</ref><ref>https://www.akparti.org.tr/site/yonetim/milletvekilleri/26/28</ref>
