Gelecekte Sentinel’ler Mutant ve insan ırkını yok olmanın eşiğine getirmiştir. Hayatta kalanlar Kitty Pride’ın Bishop’un zihnini geçmişe göndererek gelecekte yapılacak saldırılardan önceden bilgilerinin olması sayesinde kaçarak yaşamaktadırlar. Prof. X ve Magneto Sentinellerin yapıldığı 1973 yılına giderek Sentinellerin ortaya çıkaran olayları engellemeyi önerirler. Bunun için de böyle bir zihinsel yıpranmaya dayanabilecek tek kişi Wolverine seçilir. Logan geçmişe giderek Mystique in Sentinel programını yürüten bilim adamını vurmasını engelleyecek ve böylece insan ırkı mutantları tehdit olarak görmeyecektir. Zaten olaylar Mystique in yakalanarak onun DNA sının kopyalama özelliğinin ele geçirilmesi ile Sentinellerin gücünün kazanılması ile başlamıştır. Logan geçmişe gider. İlk prof.X i malikanesinde bulur. Prof.X Hank in serumu sayesinde yürüyebilmektedir. Ancak bu mutant özelliklerini engellediği için güçlerini kaybetmektedir. Logan durumu anlatır ve ona inanırlar. Charles, hankHank ve Wolverine JFK suikastini gerçekleştirdiği için hapis olan magneto Magneto'yu kurtarmak için öncelikle Quicksilver'ı bulurlar. Quicksilver onlara yardım eder ve Magneto'yu hapisten kaçırırlar. Uçakta Prof.X ile magnetoMagneto tartışır. Charles'ın onu terk ettiğini ve arkadaşlarının (Azazel, Emma, Banshee, Angel) tek tek avlandığını söyler. Sonrasında Mystique'in Bolivar Trask'a saldırdığı anda ona engel olurlar. Magneto ise Mystique'i öldürmeye çalışır. Mermi onu takip eder ve hank Hank'in engellemesi ile bacağından yaralar. Hank ile Magneto kavga ederken Mystique kaçar. Mystique Magneto'yu bulur. Magneto zaten artık senin kanını buldular ve DNA ellerinde der. Birlikte çalışalım der. Mystique kabul etmez. Onun n hedefi dostlarını öldürüp deneyler yapan Trask tır. Charles umutsuzdur Logan beynine girerek gelecekteki hali ile görüşmesini söyler. Genç Charles yaşlı Charles ile görüşür. Böylece inancı yerine gelir. Cerebro ile Mystique'i arar ve bulur. Ona ne yaparsan yap sana engel olucam der. Bunun üzerine Mystique malikaneye gelir ve Beast'i kandırarak orda saklanır. Sabah olduğunda gitmiştir ve cerebro Cerebro'yu parçalamıştır. Gelecekte ise Kitty Pride Wolverine'i uyuturken Logan'ın Stryker'ın gençliğini görmesi ile anılarında oluşan rahatsızlık nedeniyle pençelerini çıkarması nedeniyle yaralanmıştır ve zorlanıyordur. İşler iyi değildir. Sentineller onları bulmak üzeredir. Rogue'u getirirler ve Rogue Kitty'nin özelliklerini kopyalayarak Logan'ı geçmişte tutmaya devam eder. Magneto demiryolu raylarını ayrıştırarak Sentinellerin içini sarar. Amerika başkanı beyaz sarayın önündeki halka açık alanda Sentinel'lerin sunumunu yapmaktadır. Magneto yerden söktüğü stadyumu topluluğu içine alacak şekilde koyar ve orayı hapishaneye çevirir. Sentinellerde kontrolü altındadır. Charles ve Hank'ı etkisiz hale geitirir. Wolverine'i ise inşaat demirlerini vücuduna saplayarak denizin dibine gönderir. Başkanı panik odasına kaçırırlar. Mystique kılık değiştirmiştir ve Trask'ı vuracaktır. Charles onun beynine girer ama engel olmaz. Sana güveniyorum der. Mystique Trask'ı vurmaz. Başkanın kılığında Magnetoya teslim olur. Magneto kameralardan mutantlara seslenerek ona katılmaları gerektiğini ve insanların onlardan korkmaları gerektiğini söyler. Bir anlık boşluk anında Mystique magneto Magneto'yu vurur. Başlığını çıkartır ve Charles Magneto'yu etkisine alır. Başkan sentinel programına onay vermez. Gelecekte tüm mutantlar tek tek ölmektedir. Ancak Wolverine geri döndüğünde Prof.X in okulunda herkes hayattadır. Geçmişte denizden çıkartılan Wolverine Ajan stryker Stryker'a teslim edilir. Ancak ajanAjan aslında Mystique tir.
