Varlıklı bir ailenin çocuğu olarak 1902 yılında İran'ın [[Humeyn]] şehrinde dünyaya geldi. Doğumundan kısa bir süre sonra Ermeni olan babası öldürülen Humeyni, annesini de 15 yaşındayken kaybetti. Humeyni'nin ailesi uzun yıllar dini ulema geleneğine sahip bir ailedir. [[Ehlibeyt]]in yedinci imamı olan [[Musa el-Kâzım|İmam Musa el-Kâzım]]'ın torunları olan ataları, 18. yüzyılın sonlarında, asıl vatanları olan Nişabur'dan Kuzey Hindistan'ın Lucknow bölgesine göç etmişlerdi. Kintur isimli küçük bir kasabaya yerleşerek kendilerini bölgenin Şii nüfüsuna yönelik dini eğitim ve öğretim çalışmalarına adadılar. Ailenin en meşhur üyelerinden birisi Mir Hamid Hüseyin'dir. ([[Abakat el-Envar fi İmameti'l Eimmet'il-Ethar]] isimli kapsamlı çalışmanın yazarıdır.) Humeyni'nin Mir Hamidle aynı dönemde yaşamış olan dedesi Seyyid Ahmed, Ali'nin [[Necef]]'teki türbesine hac ziyaretinde bulunmak maksadıyla [[19. yüzyıl]]ın ortalarında Lucknow'dan (ya da Keşmir) ayrıldı. Necef'te Yusuf Han diye biriyle tanıştı ve onun daveti ile [[Humeyn]]'e yerleşmeye karar verdi. Kısa bir süre sonra Yusuf Han'ın kızlarından biriyle evlendi. Evliliklerinden Sahibe isimli bir kız ve Seyyid Mustafa Hindî isimli bir erkek çocukları dünyayaya gelmiştir. Humeyni'nin babası olan Seyyid Mustafa dini eğitimine [[İsfahan]]'daki Mir Muhammed Taki Müderrisi ile başlamış, daha sonra Mirza Hasan Şirazi (Dönemin Şii otoritelerinden birisidir.) rehberliğinde Necef ve Samara'da devam etmiştir.<ref>Çağa İzbırakan Müslüman Önderler; İmam Humeyni; Ayşen Baylak</ref>
