Ribozomal RNA: Revizyonlar arasındaki fark
| [kontrol edilmemiş revizyon] | [kontrol edilmiş revizyon] |
İçerik silindi İçerik eklendi
Değişiklik özeti yok |
k düzen |
||
1. satır:
[[Dosya:10 small subunit.gif||thumb|right|320px|''Thermus thermophilus'' ribozom küçük altbiriminin animasyonu (mavi, protein; turuncu, rRNA)]][[Dosya:10 large subunit.gif||thumb|right|320px|''Haloarcula marismortui'' ribozom büyük altbiriminin animasyonu (mavi, proteinler; sarı ve turuncu, iki rRNA zinciri; yeşil, aktif merkez)]]
'''Ribozomal RNA''' (rRNA), [[ribozom]]larda bulunan bir [[RNA]] tipidir, ribozomun protein senteziyle ilişkili [[katalizör|katalitik]] fonksiyonundan sorumludur. Ribozomal RNA, [[mRNA]]'daki bilginin [[translasyon]] süreci sırasında [[amino asit]] dizisine çevrilmesi için taşıyıcı RNA ([[tRNA]]) ile etkileşmek ve uzayan [[peptit]] zincirine [[amino asit]] takmaktır. Hücre [[sitoplazma]]sında bulunan RNA'nın %80'i rRNA'dan oluşur.
== Ribozomun yapısı ve rRNA ==
Ribozom iki altbirimden oluşur, bunların herbiri rRNA ve proteinlerden meydana gelir. Mesajcı RNA (mRNA)'nın ribozom tarafından çevirisi sırasında mRNA bu iki altbirim arasında yer alır. Küçük altbirime iki tRNA bağlıdır, bunlardan birine uzamakta olan peptid zinciri bağlıdır, öbürüne ise bu zincirin ucuna eklenecek olan bir amino asit. Ribozom bu amino asidin peptid zincirine eklenme tepkimesini katalizler.
rRNA molekülleri sentezlenirken önce bir öncül RNA (prekürsör rRNA veya pre-rRNA) meydana gelir. Pre-rRNA sentezlendikten sonra, önce belli nükleotitlerdeki bazlar kimyasal değişimlere uğrar (bazı şeker gruplarının metillenmesi ve bazı [[uridin]]lerini [[psödouridin]]e dönüşmesi gibi). Bunun ardından pre-rRNA kesilip kırpılarak üç farklı rRNA türü meydana getirir. Bu işlemler [[snoRNP]]'ler (İngilizce ''small nükleolar ribonucleolar particles''; küçük nükleolar ribonükleolar tanecikler) tarafından gerçekleşir. SnoRNP'ler, snoRNA olarak adlandırılan kısa bir RNA molekülü ve sekiz-on proteinden oluşan birer kompleksdir; snoRNA, [[baz eşleşmesi]] yaparak rRNA üzerinde belli bir diziye bağlanır, böylece snoRNP'deki [[enzim]]lerin bu hedef diziye yönlenmesini sağlar. Bu enzimler rRNA'da kimyasal değişiklikler yapar ve onu keser.
rRNA belli bölgelerindeki nükleotit dizileri birbirini tümleyici olduğu için bunlar birbirleriyle baz eşleşmesi yaparak molekülün kendine has üç boyutlu bir şekle girmesini sağlarlar. Ribozomdaki proteinler rRNA'nın belli kısımlarını tanıyıp oralara bağlanır, ardından bu proteinler arasındaki etkileşimler rRNA'nın daha da katlanmasına neden olur ve sonunda ribozom meydana gelir. Pre-rRNA'nın transkripsiyonu, işlenmesi, rRNA'ların proteinlerle birleşerek ribozom altbirimlerini oluşturması çekirdekçikte meydana gelir.
rRNA'nın bazı kısımları ribozomda tRNA'nın bağlanma yerlerini (A-, P- ve E- konumları) oluşturur. Başka kısımları mRNA ile etkileşerek onun çeviriminin başlama yerini belirler. Ayrıca, rRNA, peptid bağının oluşumunu sağlayan [[peptidil transferaz]] adlı katalitik aktiviteden sorumludur. 23S rRNA molekülünün, yardımcı bir protein olmaksızın peptidil transferaz aktivitesine sahip olduğu gösterilmiştir.<ref>Nitta et al., Science 281: 666–669, 1998</ref>
38. satır:
Ökaryotlarda küçük ribozomal altbirimde [[18S ribozomal RNA|18S]] bulunur, büyük altbirimde ise üç tane rRNA türü vardır: [[5S ribozomal RNA|5S]], [[5.8S ribozomal RNA|5.8S]] ve [[28S ribozomal RNA|28S]] rRNA'lar.
Ökaryotlarda rRNA [[gen]]lerinin pekçok kopyası vardır, bunlar art arda dizilmiş tekrarlar şeklinde olur.
Yukarıda belirtilen [[sitoplazma|sitoplazmik]] ribozomlardaki rRNA tiplerine ek olarak hayvanlardaki [[mitokondri]] ribozomlarında da rRNA'lar (12S ve 16S) bulunur. [[Bitki]] mitokondrilerinde bu ikisine ek olarak bir de 5S rRNA vardır.
44. satır:
Ribozomal rRNA'lardan 28S, 5.8S ve 18S rRNA'lar, tek bir RNA molekülünün işlemden geçmesi sonucu oluşur. [[Memeli]]lerde bu öncül rRNA (pre-rRNA) 45S büyüklüğündedir, bunun başından ve sonundan birer parça, iç kısmından da iki parça çıkınca kalan parçalar 28S, 5.8S ve 18S büyüklüğünde olur. Bu işlemden sonra 5.8S rRNA ve 28S rRNA birbirlerine [[hidrojen bağı|hidrojen bağlarıyla]] bağlanırlar. 5S rRNA ayrı bir genden yazılır.
Büyümekte olan hücreler pekçok ribozoma gerek duyduklarından çok sayıda rRNA sentezlemek durumundadırlar. Bu yüzden genomda çok sayıda rRNA geni bulunur. 45S rDNA geni, herbiri 30-40 tekrardan oluşan ([[kromozom]] 13, 14, 15, 21 ve 22'de) beş küme halindedir. Bunların [[Transkripsiyon (genetik)|transkripsiyon]]u [[RNA polimeraz I]] tarafından yapılır. 5S rRNA'nın transkripsiyonu ise [[RNA polimeraz III]] tarafından yapılır. 5S rRNA, 200-300 [[gen]] tarafından kodlanır, bunlar da art arda dizilmiş tekrarlardan oluşur, bu tekrar kümelerinden en büyüğü kromozom 1q41-42'dedir. Kurbağa yumurtalarında gözlemlenmiş bir olgu, rRNA gen kopya sayısının diğer hücre tiplerinden birkaç bin katı daha çok olduğudur. Yumurta hücresinin büyüklüğü ve onun çok miktarda protein üretme gereğinden dolayı, genomdaki rRNA gen sayısının amplifikasyonunu sağlayan bir mekanizma mevcuttur.
28S, 5.8S ve 18S rRNA'ları [[çekirdekçik]]te sentezlenir, 5S rRNA'sı ise [[hücre çekirdeği|çekirdeğin]] farklı bir bölgesinde sentezlenir.
50. satır:
Ribozomlarda 18S rRNA'sının 3' ucu, mRNA'nın 5'ucu ile baz eşleşmesi yaparak mRNA'nın çevirisinin başlamasını sağlar.<ref>Complementarity between the mRNA 5' untranslated region and 18S ribozomal RNA can inhibit translation. S B Verrier and O Jean-Jean RNA. 2000 April; 6(4): 584–597.</ref>
Ribozom altbirimlerindeki RNA'nın üç boyutlu yapısı X-ışını kristalografisi ile çözülmüştür<ref name="pmid11283358">{{Dergi kaynağı| author = Yusupov MM, Yusupova GZ, Baucom A, ''et al'' | title = Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution | journal = Science | volume = 292 | issue = 5518 | pages = 883-96 | year = 2001 | pmid = 11283358 | doi = 10.1126/science.1060089 | issn = }}</ref>. Bu RNA dört bölgeden oluşur, bunlar 5', merkez, 3' majür ve 3'minör bölgelerdir. 5' bölgenin yapısının modeli (500-800 nükleotitten oluşan) şekilde gösterilmiştir. Ribozomda peptit bağının oluştuğu aktif merkez tamamen rRNA'dan oluşur.
Ribozomal RNA'nın işlevsel bölgelerinde (örneğin, peptidil transferaz veya altbirim arayüzünde) bulunan [[nükleozit]]lerin çoğu transkripsiyon sonrası değişime uğramıştır, muhtemelen bu değişimler ribozom fonksiyonu için önemlidir.<ref>{{Dergi kaynağı| author=King TH, Liu B, McCully RR, Fournier MJ| title=Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center | journal=Molecular Cell| year=2002| volume=11| issue=2| pages=425–35| doi=10.1016/S1097-2765(03)00040-6}}</ref> rRNA'daki baz modifikasyonlarının meydana gelmesinden küçük nükleolar RNA'lar ([[snoRNA]]'lar) rol oynar, bunlar rRNA ile baz eşleşmesi yaparak modifikasyonu yapacak enzimleri pre-rRNA'nın uygun yerlerine yönlendirirler.<ref>{{Kitap kaynağı|son=Cooper|ilk= G.|başlık=The Cell a Molecular Approach. |basım=Second Edition|yıl= 2000|yayımcı= The American Society for Microbiology Press, Washington}}</ref>
65. satır:
== Kaynaklar ==
{{Kaynakça}}
== Dış bağlantılar ==
| |||