Vikipedi

Nükleik asit simülasyonu yazılımlarının karşılaştırması

Vikimedya liste maddesi

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.

Name 3D

Görüntü

Model oluşturma Min MD MC REM Crt Int Exp Imp Lig GPU Yorumlar Lisans Website
Abalone Evet Evet Evet Evet Evet Evet Evet Hayır Evet Evet Evet Evet DNA, proteinler, ligandlar Ücretsiz Agile Molecule
AMBER[1] Hayır Evet Evet Evet Hayır Evet Evet Hayır Evet Evet Evet Evet[2] AMBER kuvvet alanı Tescilli ambermd.org23 Haziran 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Ascalaph Designer Evet Evet Evet Evet Hayır Hayır Evet Hayır Evet Evet Evet Hayır AMBER Ücretsiz, GPL biomolecular-modeling.com11 Mart 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
CHARMM Hayır Evet Evet Evet Evet Hayır Evet Hayır Evet Evet Evet Hayır CHARMM kuvvet alanı Tescilli charmm.org
Forecaster (Fitted)[3] Evet Hayır Evet Hayır Hayır Hayır Evet Hayır Evet Hayır Evet Hayır Su yerleştirme ile nükleik asitlere küçük molekül yanaştırma Akademi için ücretsiz, Tescilli Molecular Forecaster9 Temmuz 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
HyperChem Evet Evet Evet Evet Evet Hayır Evet Hayır Evet Evet Evet Hayır Bazı kuvvet alanları Tescilli Hypercube, Inc.30 Haziran 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
ICM[4] Evet Evet Evet Hayır Evet Hayır Hayır Evet Hayır Evet Hayır Hayır Global optimizasyon Tescilli Molsoft27 Şubat 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
JUMNA[5] Hayır Evet Evet Hayır Hayır Hayır Hayır Evet Hayır Evet Hayır Hayır Tescilli
MDynaMix[6] Evet Evet Hayır Evet Hayır Hayır Evet Hayır Evet Hayır Evet Hayır Yaygın MD Ücretsiz, GPL Stockholm University30 Mart 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Molecular Operating Environment (MOE) Evet Evet Evet Evet Hayır Hayır Evet Hayır Evet Hayır Evet Hayır Tescilli Chemical Computing Group30 Haziran 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Nucleic Acid Builder (NAB)[7] Hayır Evet Hayır Hayır Hayır Hayır Hayır Hayır Hayır Hayır Hayır Hayır Olağandışı DNA, RNA için modeller üretir Ücretsiz, GPL New Jersey University19 Şubat 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
NAnoscale Molecular Dynamics (NAMD) Evet Hayır Evet Evet Hayır Hayır Evet Hayır Evet Hayır Evet Evet Hızlı, paralel MD, CUDA Ücretsiz University of Illinois 8 Nisan 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
oxDNA[8] Evet Evet Evet Evet Evet Evet Evet Hayır Hayır Evet Hayır Evet DNA ve RNA' nın Kaba taneli modellemesi Ücretsiz, GPL dna.physics.ox.ac.ukLAMMPS USER-CGDNA 3 Ağustos 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
QRNAS [9] Hayır Hayır Evet Hayır Hayır Hayır Evet Hayır Hayır Evet Hayır Hayır AMBER kuvvet alanı kullanılarak RNA, DNA ve ikisinin hibridlerinin modellerinin yüksek çözünürlüklü geliştirmesi. GPL Genesilico 21 Şubat 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Github
SimRNA[10] Evet Evet Hayır Hayır Evet Evet Evet Evet Hayır Evet Hayır Hayır RNA' nın Kaba taneli modellemesi Akademi için ücretsiz, Tescilli Genesilico 31 Ocak 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
SimRNAweb[11] Evet Evet Hayır Hayır Evet Evet Evet Evet Hayır Evet Hayır Hayır RNA' nın Kaba taneli modellemesi Ücretsiz Genesilico 19 Kasım 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
YASARA Evet Evet Evet Evet Hayır Hayır Evet Hayır Evet Hayır Evet Hayır Etkileşimli simülasyonlar Tescilli www.YASARA.org 10 Şubat 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.

Ayrıca bakınız değiştir

Kaynakça değiştir

  1. ^ Cornell W.D.; Cieplak P.; Bayly C.I.; Gould I.R.; Merz K.M., Jr.; Ferguson D.M.; Spellmeyer D.C.; Fox T.; Caldwell J.W.; Kollman P.A. (1995). "A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules". J. Am. Chem. Soc. 117 (19). ss. 5179-5197. CiteSeerX 10.1.1.323.4450 $2. doi:10.1021/ja00124a002. 
  2. ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Nisan 2020. 
  3. ^ Wei, Wanlei; Luo, Jiaying; Waldispühl, Jérôme; Moitessier, Nicolas (24 Haziran 2019). "Predicting Positions of Bridging Water Molecules in Nucleic Acid-Ligand Complexes". Journal of Chemical Information and Modeling. 59 (6). ss. 2941-2951. doi:10.1021/acs.jcim.9b00163. ISSN 1549-960X. PMID 30998377. 
  4. ^ Abagyan R.A., Totrov M.M.; Kuznetsov D.A. (1994). "Icm: A New Method For Protein Modeling and Design: Applications To Docking and Structure Prediction From The Distorted Native Conformation". J. Comput. Chem. 15 (5). ss. 488-506. doi:10.1002/jcc.540150503. 
  5. ^ Lavery, R., Zakrzewska, K. and Sklenar, H. (1995). "JUMNA: junction minimisation of nucleic acids". Comput. Phys. Commun. 91 (1–3). ss. 135-158. Bibcode:1995CoPhC..91..135L. doi:10.1016/0010-4655(95)00046-I. 
  6. ^ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix – A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures". Computer Physics Communications. 128 (3). ss. 565-589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016/S0010-4655(99)00529-9. 
  7. ^ Macke T.; Case D.A. (1998). "Modeling unusual nucleic acid structures". Molecular Modeling of Nucleic Acids. ss. 379-393. 
  8. ^ Petr Šulc; Flavio Romano; Thomas E. Ouldridge; Lorenzo Rovigatti; Jonathan P. K. Doye; Ard A. Louis (2012). "Sequence-dependent thermodynamics of a coarse-grained DNA model". J. Chem. Phys. 137 (13). s. 135101. arXiv:1207.3391 $2. Bibcode:2012JChPh.137m5101S. doi:10.1063/1.4754132. PMID 23039613. 
  9. ^ Stasiewicz, Juliusz; Mukherjee, Sunandan; Nithin, Chandran; Bujnicki, Janusz M. (21 Mart 2019). "QRNAS: software tool for refinement of nucleic acid structures". BMC Structural Biology. 19 (1). s. 5. doi:10.1186/s12900-019-0103-1. ISSN 1472-6807. PMC 6429776 $2. PMID 30898165. 
  10. ^ Boniecki, Michal J.; Lach, Grzegorz; Dawson, Wayne K.; Tomala, Konrad; Lukasz, Pawel; Soltysinski, Tomasz; Rother, Kristian M.; Bujnicki, Janusz M. (19 Aralık 2015). "SimRNA: a coarse-grained method for RNA folding simulations and 3D structure prediction". Nucleic Acids Research. 44 (7). ss. e63. doi:10.1093/nar/gkv1479. ISSN 0305-1048. PMC 4838351 $2. PMID 26687716. 
  11. ^ Magnus, Marcin; Boniecki, Michał J.; Dawson, Wayne; Bujnicki, Janusz M. (19 Nisan 2016). "SimRNAweb: a web server for RNA 3D structure modeling with optional restraints". Nucleic Acids Research. 44 (W1). ss. W315-W319. doi:10.1093/nar/gkw279. ISSN 0305-1048. PMC 4987879 $2. PMID 27095203. 
"https://tr.wikipedia.org/w/index.php?title=Nükleik_asit_simülasyonu_yazılımlarının_karşılaştırması&oldid=31206468" sayfasından alınmıştır