Heterokromatin, interfaz aşamasında yoğunlaşmış halde bulunan kromatindir. Heterokromatik bölgeler geç replikasyon yapma özelliğine sahiptir. Konstitütif ve fakültatif olmak üzere iki formu bulunmaktadır. Çoğu bitki kromozomunun sonu konstitütif heterokromatin içerir. Heterokromatin, birden fazla çeşitte gelen, sıkıca paketlenmiş bir DNA veya yoğun DNA formudur. Bu çeşitler, kurucu heterokromatinin ve fakültatif heterokromatinin iki ucu arasında bir süreklilik üzerinde uzanır. Her ikisi de genlerin ifadesinde yer alır. Sıkıca paketlendiğinden, polimerazlar tarafından erişilemediği ve bu nedenle kopyalanmadığı düşünülüyordu, ancak Volpe ve diğerleri ve diğer birçok makale, bu DNA'nın çoğunun gerçekten kopyalandığını, ancak sürekli olarak RNA kaynaklı transkripsiyonel susturma (RITS) yoluyla geri döndüğünü öne sürmekte. Elektron mikroskobu ve OsO4 boyama ile yapılan son çalışmalar, yoğun paketlemenin kromatinden kaynaklanmadığını ortaya koymaktadır

Yapıcı heterokromatin, kendisine yakın genleri etkileyebilir (örneğin, konum-etki değişkenliği). Genellikle tekrarlayıcıdır ve sentromerler veya telomerler gibi yapısal işlevlerin yanı sıra diğer gen ekspresyonu veya baskı sinyalleri için bir çekici görevi görür.

Fakültatif heterokromatin, genlerin histon deasetilasyonu veya RNAi yoluyla Piwi ile etkileşime giren RNA (piRNA) gibi bir mekanizma yoluyla susturulmasının sonucudur. Tekrarlayıcı değildir ve yapısal heterokromatinin kompakt doğasını paylaşır. Bununla birlikte, belirli gelişimsel veya çevresel sinyal ipuçları altında yoğun yapısını kaybedebilir ve transkripsiyonel olarak aktif hale gelebilir.

Heterokromatinin inaktifliğinin moleküler mekanizması henüz tamamen aydınlatılmamıştır.