Hesaplamalı biyoloji

Hesaplamalı biyoloji, ya da bilişimsel biyoloji, biyolojik, ekolojik, davranışsal ve sosyal sistemlerin araştırılmasında veri analitik ve teorik yöntemlerin, matematiksel modelleme ve hesaplamalı simülasyon tekniklerinin geliştirilmesini ve uygulanmasını içerir. Disiplinlerarası bir alandır ve de farklı disiplinleri kucaklar. Temelinde biyoloji, uygulamalı matematik, istatistik, biyokimya, kimya, biyofizik, moleküler biyoloji, genetik, genomik, bilgisayar bilimi ve evrim yer almaktadır.

Bir protein interaksiyon ağı. Hesaplamalı biyoloji alanında kullanılan metodlar sonucu elde edilmiş bir görsel.

Hesaplamalı biyoloji alanı biyolojik bilgisayar disipliniyle karıştırılmamalıdır. Biyolojik bilgisayar disiplini, bilgisayar bilimleri ve bilgisayar mühendisliği'nin bir alt dalıdır, ve bilgisayar inşaası için biyoloji ve biyomühendislik temellerini kullanır. Bir diğer disiplinlerarası alan olan, bilgisayarlarla biyolojik data işlemesi üzerine odaklanan biyoinformatik hesaplamalı biyolojiye daha çok benzerlik gösterir.

Alt DallarDüzenle

Hesaplamalı anatomiDüzenle

Hesaplamalı biyo-modellemeDüzenle

Hesaplamalı genomikDüzenle

Hesaplamalı sinirbilimDüzenle

Hesaplamalı farmakolojiDüzenle

Hesaplamalı evrimsel biyolojiDüzenle

Hesaplamalı kanser biyolojisiDüzenle

Hesaplamalı nöropsikiyatriDüzenle

Kullanılan yazılımlar ve veritabanlarıDüzenle

Hesaplamalı Biyologlar çeşitli yazılımlar kullanırlar. Bunlar komut satırı programlarından, web tabanlı programlara kadar değişiklik gösterebilir.

Aynı zamanda veritabanları da hesaplamalı biyoloji araştırmalarında çok önemli bir yerer sahiptir. Biyolojik veri, araştırmaların bel kemiğini oluşturmaktadır ve de dünyaca ünlü açık erişim veritabanları sayesinde araştırmalar her isteyen tarafından yapılabilmektedir.

Veritabanlarına ve yazılımlara bazı örnekler olarak şunlar gösterilebilir:

  • Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes (en:KEGG)[1]: Biyolojik yolakların, genlerin, proteinlerin ve de genomların çok fazla tür için bütün detaylarını gösteren bir veritabanıdır.
  • en:Multiple EM for Motif Elicitation (MEME)[2]: Verilen genetik dizilimde tekrar eden motif paternlerini saptayan açık kaynaklı web-tabanlı yazılım.
  • Tomtom[3]: Verilen bir motifi veritabanındaki başka motifler ile karşılaştıran web-tabanlı yazılım.

KonferanslarDüzenle

Hesaplamalı biyoloji ile ilgili birkaç büyük konferans mevcuttur. Bazı önemli örnekler olarak şunlar verilebilir: en:Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), en:European Conference on Computational Biology (ECCB) ve en:Research in Computational Molecular Biology (RECOMB).

Bilimsel DergilerDüzenle

Hesaplamalı biyolojiye adanmış çok sayıda dergi vardır. Bazı önemli örnekler olarak en:Journal of Computational Biology ve en:PLOS Computational Biology gösterilebilir. PLOS Computational Biology dergisi hakemli bir dergi olup, bu alanda çeşitli önemli projelere öncülük etmektedir. Yazılımlarla ilgili incelemeler, açık kaynaklı yazılım tutorialları sunar ve yaklaşan hesaplamalı biyoloji konferansları hakkında bilgiler verir. Aynı zamanda açık erişimli bir dergidir . Atıfta bulunulduğu süreçte dergideki yayınlar özgürce ve bedelsiz bir şekilde kullanılabilir.[4]

İlgili alanlarDüzenle

Ayrıca bakınızDüzenle

KaynakçaDüzenle

  1. ^ "Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes". Kanehisa, M. and Goto, S. 25 Temmuz 2003 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  2. ^ "MEME". 19 Nisan 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  3. ^ "Tomtom". 19 Nisan 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  4. ^ "PLOS Computational Biology: A Peer-Reviewed Open-Access Journal". journals.plos.org. 10 Mayıs 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Mayıs 2020.