Plazmid: Revizyonlar arasındaki fark

'''Plazmid''', kendi kendini eşleyebilen, [[kromozom]]dan ayrı bir [[DNA]] parçasıdır. Tipik olarak dairesel ve çift sarmallıdır. Genelde [[bakteri]]lerde, bazen [[ökaryotlar]]da da (örneğin ''[[Saccharomyces cerevisiae]]'' deki ''2 mikrometre plazmidi'' ) bulunur. Plazmidlerin boyu 1 ila 400 [[baz çifti|kilobaz çifti]] arasında değişir. Bir [[hücre]]de büyük bir plasmidin bir kopyası, daha küçük boy plazmidlerin ise yüzlerce kopyası bulunabilir. Hatta, yüksek kopya sayısına sahip olması amacıyla seleksiyona uğratılmış bazı yapay plazmidlerin (örneğin '''pUC''' plazmid serisindekilerin) binlerce kopyası olabilir.

== Antibiyotik direnci ==

Her plazmid kromozomdan bağımsız olarak kopyalanmasını sağlayan, bir DNA dizinine sahiptir. [[Replikasyon orijini]] (İngilizce ''origin of replication'') veya 'ori' olarak adlandırılan bu dizin [[DNA'nın çoğalması|DNA replikasyonureplikasyonunun]]nun başlama noktasıdır (şekil 2). Çoğu plazmid, Şekil 2'de gösterildiği gibi daireseldir ama ökaryotların kromozomlarına yüzeysel olarak benzeyen, doğrusal (lineer) plazmidlerde vardır.

== Epizomlar ==

'''Epizom''', konak organizmanın kromozom DNA ile bütünleşebilen bir plazmiddir. Bu yüzden uzun süre bütünlüğünü koruyabilir, her [[hücre bölünmesi]]nde kopyalanır ve genetik yapının bir parçası olarak varlığını sürdürür. Plazmidler için bu terim artık kullanılmamaktadır çünkü bir plazmidin epizom olmasına nedeni, hem o hem kromozomda bulunan, [[transpozon]] gibi bir homolog bölgenin varlığıdır. Memeli hücrelerinde epizom terimi, konak kromozomlardan birine kovalent olmayan şekilde başlanmış dairesel DNA (viral bir genom gibi) için kullanılır.

== Vektörler ==

Genetik mühendilikte kullanılan plazmidlere [[vektör (moleküler biyoloji)|vektör]] denir. Bir canlıdan diğerine gen aktarımı için kullanılırlar ve genelde seleksiyon için kullanılabilecek bir [[fenotip]] oluşturan bir [[genetik işaret]] taşırlar. Çoğu vektörde bir çoklubağlaç (İngilizce ''polylinker'' veya çoklu klonlama yeri (İngilizce ''multiple cloning site'') de bulunur, buraya DNA parçalarının kolayca eklenmesi için yaygınca kullanılan [[restriksiyon yerleri]] içeren kısa bir bölgedir. Aşağıda [[#Uygulamalar|Uygulamalar]] bölümüne bakınız.

== Tipleri ==

Plazmidleri sınıflandırmanın bir yolu, başka bir bakteriye kendini aktarabilme yeteneğine göredir. ''Konjügatif'' plazmidler ''tra-genleri'' taşırlar, bunlar, bir plazmidin başka bir bakteriye trasnferi olan [[konjügasyon]] olayının gerçekleşmesini sağlarlar. ''Nonkonjügatif'' plazmidler konjügasyonu başlatamazlar, ancak konjügatif plazmidlerin yardımıyla, 'kazara' aktarılabililer. Bir ara sınıf olarak ''seferber edilebilir'' (İngilizce ''mobilizable'') plazmidler sayılabilir, bunlar aktarım için gereken genlerin bir kısmına sahip oldukları için konjügatif plazmidlerin paraziti gibi davranırlar, ancak onların varlığında yüksek frekansta transfer olabilirler.

Farklı tiplerde plazmidlerin bir hücrede beraber bulunmaları mümkündür. ''[[E. coli]]'' 'de yedi farklı plazmid bir arada bulunmuştur. Ancak ''ilişkili'' plazmidler birbiriyle bağışıksızdır, yani temel plazmid işlevlerinin denetiminin bir sonucu olarak bunlardan sadece bir tipi varlığını sürdürebilir. Dolayısıyla plazmidler ''uyumluluk grupları'' 'na ayrılırlar.

* ''Fertilite-[[F-plasmid]]leri'', tra-genleri taşırlar. [[Bakteryel konjügasyon]] yapabilirler.

* ''Rezistans-(R) plazmidleri'', [[antibiyotik]] ve zehirlere karşı direnç sağlayan genler içerirler. Plazmidlerin ne olduğu bilinmeden evvelki zamanlarda R-faktörler olarak bilinirlerdi.

* ''Col-plazmidleri'', [[kolisin]]leri kodlayan genler içerirler. Kolisinler başka bakterileri öldürebilen [[protein]] türleridir.

Her bakteride bir veya birkaç kopya halinde bulunan plazmidler, hücre bölünmesinin ardından yavru bakterilerden birine aktarılmama riskini taşırlar. Bu tür tek kopyalı plazmidler her yavru hücreye plazmidin bir kopyasının dağıtılmasını sağlayan sistemlere sahiptirler.

Bazı plazmidler bir ''bağımlılık sistemi'' veya ''ayrılma sonrası öldürme sistemi'' (İngilizce "postsegregational killing system (PSK)") içerirler. Hem uzun etkili bir zehir ve kısa etkili bir [[panzehir]] üretirler. Plazmidi tutan yavru hücreler sağ kalırlar, plazmidin bir kopyasını almamış bir yavru hücre ise ya ölür ya da ana hücreden kalan zehirin etkisiyle yavaş büyür. Bu plazmidlerin "[[bencil DNA]]" yönlerinin bir örneğidir.

== Uygulamaları ==

Plazmidler biyokimya ve moleküler biyolojide kullanılan önemli araçlardır. Genlerin çoğaltılması (pek şok kopyasının elde edilmesi) veya ifadesi için kullanılan ticari kaynaklı pek çok plazmid mevcuttur.

Çoğaltılacak olan genin kopyası, hücreleri belli bir antibiyotiğe dayanıklı yapan genler içeren bir plazmide eklenir. Sonra plazmid, [[transfromasyon (genetik)|transformasyon]] olarak adlandırılan bir yöntemle bakterilerin içine sokulur. Ardından bakteriler o antibiyotiğe maruz bırakılırlar. Plazmid onları dirençli kıldığı için yalnızca plazmidi içine almış bakteriler antibiyotikli ortamda sağ kalırlar. Bu bakteriler çok sayıda büyütülürler, sonra toplanıp eritilerek ([[lizis]]) içlerindeki plazmid izole edilir.

Plazmidlerin bir diğer kullanımı çok miktarda protein üretimidir. Bu durumda arzu edilen geni taşıyan plazmidi içeren bakteriler büyütülür. Bakteriler antibiyotik direnci sağlayan proteinlerini üretmeye başlattıkları sırada eklenmiş genden bol miktarda protein üretmesini sağlayacak şekilde uyarılabilir. Bu şekilde bir gen veya onun kodladığı bir protein (örneğin [[insülin]]), hatta [[antibiyotik]]ler ucuz ve kolay bir şekilde üretilebilir.

== Plazmid DNA eldesi ==

Plazmidler çoğu zaman belli DNA dizinlerinin saflaştırılması için kullanılırlar, çünkü genomun geri kalanından kolayca ayrıştırılabilir. Vektör olarak kullanımları ve [[moleküler klonlama]] için plazmidlerin izole edilmesi gerekir.

Bakterilerden plazmid DNA'sı elde etmenin birkaç yöntemi vardır. Bunlar '''miniprep''', '''midiprep''' ve '''maksiprep''' olarak adlandırılırlar. Birincisi genelde plazmidin arzu edilen özelliğe sahip olduğunu kontrol etmek için kullanılır. Elde edilen DNA çok saf olmamakla beraber [[restriksiyon sindirimi]] ve bazı basit [[klonlama]] tekniklerine yetecek kalitededir.

Maksiprep tekniğinde büyük hacimli hücre süspansiyonu kullanılır. Yapılan işlem esas olarak büyük ölçekli bir miniprep tekniğidir, üzerine ek saflaştırma adımları gelir.Sonuçta nispeten bol miktarda (birkaç mg) çok saf plazmid DNA'dır.

== Biçimler ==

Plazmid DNA beş farklı biçimde (konformasyonda) olabilir, bunlar [[elektroforez]]le farklı hızlarda ayrışırlar. Bu konformasyonlar elektroforez hız sırasına göre, en yavaştan en hızlıya aşağıda listelenmiştir:

* Çentikli açık dairesel DNA'nın bir zinciri kesiktir

* Doğrusal DNA'nın iki ucu da açıktır, ya hücre içinde de böyle olduğu için veya dairesel plazmidin iki zinciri de kesilmiş olduğu için. Bu, bir bir ucu öbür ucuna takılı olmayan bir elektrik uzatma kablosuna benzetilebilir.

* Gevşek dairesel DNA'nın iki zinciri sağlamdır ama enzimler tarafından gevşetilmiş, yani aşırı sargısı giderilmiştir. Bir ucu öbürüne takılı elektrik uzatma kablosuna benzetilebilir.

* Aşırı sargılı denşirik (İngilizce ''supercoiled denatured'') DNA, iki sarmalı da kesilmemiş ama bazı kısımları eşlenmemiş olduğu için biraz daha az sıkıdır. İçindeki iki telinin yer yer ayrık olduğu bir uzatma kablosunun kendi etrafında sarıldıktan sonra bir ucunun öbürüne takılmış haline benzetilebilir.

== Dış bağlantılar ==

* [http://yunus.hacettepe.edu.tr/~sozen/plasmid/plasm.htm Plazmitler]

* [http://www.maxanim.com/genetics/Plasmid/Plasmid.htm Bir plazmidin kromozoma entegrasyonu ve ondan ayrılması] Flash Animasyon

* [http://www.ispb.org/ International Society for Plasmid Biology and other Mobile Genetic Elements] (Uluslararası Plazmid biyolojisi ve mobil Genetik Elemanlar Derneği; İngilizce)

* [http://histmicro.yale.edu/mainfram.htm Plasmid tarihçesi] (İngilizce)

== Kaynakça ==

[[zh:質质粒]]