1948 yılı 10 ağustosunda Meliha Nalkesen’le evlenen sanatçı; İnci, Süleyman, Ebru ve Selçuk adlarında dört çocuk sahibi olur. Ancak en büyük çocuğu İnci'yi 22 Şubat 1982 tarihinde kaybeder.
1979 yılında büyük oğlu Süleyman Nalkesen'in ilk kızı, kendisinin ise ilk torunu Burcu dünyaya gelir. Bunun ardından 1986 yılının nisan ayında küçük oğlu Selçuk'un ilk çocuğu kaybettiği kızının adı konulan İnci onun hemen arkasından mayıs ayında da diğer oğlu Süleymanın ikinci kızı Ezgi dünyaya gelir.
1992 yılında Yusuf ve Meliha çiftinin tek kalan ve üzerine titredikleri kızları Ebru evlenir. Bir sene sonra dördüncü torunu Merve dünyaya gelir. Doğumun olacağı sıralarda Yusuf Nalkesen ve eşi kızlarıyla görüşmemektedirler. Aslında doğum 22 şubat günü olacaktır fakat Ebru Nalkesen bu günün ablasının ölüm yıldönümü olmasından dolayı kızının doğumunu 23 şubata erteler. Doğum üzerine geçen kısa ve duygulu bir olay vardır;
Kızının 23 şubat günü bir kız çocuğu dünyaya getirdiğini öğrenen Nalkesen dolu dolu olan gözleriyle eşi Meliha Nalkesene döner ve "Görüyor musun Meliha? Allah bizden bir kız aldı ama bugün bir kız verdi."
