Kurtuluş Savaşı sonrası akademi 13 Ekim 1923 tarihinden itibaren [[İstanbul Üniversitesi]]'nin idari binası olarak anılan Beyazıt'ta kitaki [[Harbiye Nezareti]] binasında "Yüksek Harp Okulu" adıyla eğitim ve öğretim faaliyetlerine yeniden başladı. Akabinde 24 Mart 1924'te ismi "Genelkurmay Kurs Müdürlüğü" olarak değiştirildi ve [[Yıldız Sarayı]]'na taşındı. 1927 yılında bir kez "Harp Akademisi Müdürlüğü" adını aldı ve akabinde müdürlük adı komutanlığa çevrildi. Akademi 1975 yılına kadar bu lokasyonda eğitim ve öğretim faaliyetlerine devam etti. 15 Ocak 1927 tarihinde kurulan [[Yüksek Levazım Okulu]], Levazım Üst Subay Akademisi ve Levazım Okulu ile General ve Üst Subaylara mahsus Yüksek Komuta Akademisi de Harp Akademisi'ne bağlandığından ''Askeri Akademiler Komutanlığı'' adı verilmiştir. Adı değiştirilen akademi, sadece bir kadrolu olmaktan, 1930'da Deniz Harp Akademisi'nin yeniden açılmasıyla büyümeye başladı. 7 yıl sonra, Türk askeri havacılığının gelecekteki pilot subaylarını yetiştirmek için Hava Harp Akademisi kuruldu.
