|
== Tarihçe ==
1977'de [[Carl Woese]] ve George Fox, prokaryotları 16S [[rRNA]] dizinlerine göre sınıflandırdıkları [[filojenetik ağaç]]daki diğer bakterilerden ayrı kümelenmelerinden dolayı arkaeleri tanımlanmışlardır. Bu iki canlı grubu başlangıçta birer [[âlem]] veya alt âlem olarak görülmüş, Arkaebakteriler ve Öbakteriler olarak adlandırılmışlardır. Woese bu grupların canlıların temel düzeyde birbirinden farklı birer kolu sayılması gerektiğini savunmuştur. Daha sonra bu kavramı daha belirginleştirmek için grupları Arkeler ve Bakteriler olarak yeniden adlandırmış ve bunların, [[Ökarya]] ile beraber canlıların [[üç bölge sistemi|üç bölgesini]] oluşturduğunu öne sürmüştür. (Woese'nin bu gruplara İngilizce 'bölge' anlamında ''domain'' olarak adlandırmıştır; Türkçe ''üst-âlem'' olarak da adlandırılırlar.)
Biyolojik bir terim olarak Arkea ile [[jeoloji]]deki '''Arkean''' veya [[Arkeozoik]] dönemin bir ilişkisi yoktur. Arkeozoik dönem, [[Yer]] tarihinde Arke ve Bakterilerin gezegende yaşayan tek canlılar olduğu bir dönemin ismidir. Bu canlılara ait muhtemel fosiller 3,8 milyar yıl öncesine tarihlenmişlerdir.
[[Dosya:Phylogenetic tree.svg|küçükresim|sağ|320px|Bakteri, arkea ve ökaryotlar arasındaki ayrışmayı gösteren, [[rRNA]] verilerine dayandırılmış bir filogenetik ağaç.]]
Moleküler biyolojide temel rolü olan genetik [[Transkripsiyon (genetik)|transkripsiyon]] ve [[translasyon]] mekanizmaları bakterilere pek benzemeyip, çoğu bakımdan [[ökaryot]]lara benzemektedir. Örneğin arke translasyonu ökaryotik-benzeri başlatma (''initiation'') ve uzatma (elongasyon) faktörleri kullanır, trankripsiyonda ökaryotlardaki gibi TATA-bağlanma proteinleri ve TFIIB rol oynar. Çoğu arke tRNA ve rRNA genlerinde arkelere has intronlar bulunur ki bunlar ve ökaryotik intronlara, ne de bakteryel intronlara benz farklı kılan çeşitli başka özellikler vardır. Bakteri ve ökaryotlarda olduğu gibi arkaelerde de [[gliserol]]lu [[fosfolipit]]lere sahiptirler. Ancak arke [[lipit]]lerinin üç özelliği değişiktir:
* Arke lipitlerindeki gliserolun stereokimyası bakteri ve ökaryotlardakinin tersidir. Bu, farklı bir biyosentetik yol olduğuna işarettir.
* Çoğu bakteri ve ökaryotun hücre zarları gliserol-lipit [[ester]]<nowiki>lerinden</nowiki> oluşur, oysa arkelerin zarları gliserol-lipit [[eter]]<nowiki>lerinden</nowiki> oluşur. Bakterilerde eter bağlantılı lipitler olsa dahi bunlardaki gliserol sterokimyası bakteriyel biçimdedir.
* Arke lipitleri [[izopren]]oid birimlerden. Bu beş karbonlu bileşik bakteri ve ökaryotlardaki bazı vitaminlerde yer almasına rağmen, yalnızca arkeler onu lipitlerinin inşasında kullanırlar. Çoğunlukla bu lipitler 20 karbonlu (4 monomerden oluşmuş) veya 40 karbonlu (8 monomer) olurlar. Kırk karbonlu lipitlerin uzunluğu hücre zarının kalınlığı kadar olduğu için bazı arkelerin [[hücre zarı]]nda bu lipit zincirinin iki ucunda gliserol fosfat grupları bağlıdır, zar başka canlı türlerinde olduğu gibi iki lipit tabakasından değil, tek bir tabakadan oluşur. Tek tabakalı zar özellikle ısısever (termofilik) arkelerde yaygındır.
Arke hücre duvarları da bakteri ve ökaryotlarda ender görülen özelliklere sahiptir. Örneğin, çoğu arkenin hücre duvarı S-tabakası olarak adlandırılan yüzey proteinlerinden oluşur. S-tabakası bakterilerde de görülür, bazı canlılarda hücre duvarının tek bileşenidir (örneğin [[Planctomyces]]) veya [[peptidoglikan]]lı canlılarda bir dış tabaka oluşturur. [[Metanojen]]lerin bir grubu haricinde arkelerde peptidoglikan duvar yoktur. Metanojenlerde olan peptidoglikan dahi bakterilerdekinden çok farklıdır.
Arkelerin [[flagella]]sı(kamçısı), bakteri flagellasına yüzeysel olarak benzese de yapı ve oluşum bakımından çok farklıdır. Bakteri flagellaları değişime uğramış bir tip III salgı sistemidir, oysa arkae flagellası tip IV pilusa benzeyip, tip II salgı sistemine benzer bir salgı sistemi kullanırlar.
| 