Babası [[Melikşah]], annesi cariye kökenli [[Taceddin SeferiyyeBaşulu Hatun]]'dur.<ref>TDV İslam Ansiklopedisi, cilt: 43, sayfa: 84</ref> Babasının bir seferi sırasında, 1086 yılında [[Sincar]]’da doğdu. Babası 1092'de öldüğünde henüz küçüktü. Melikşah'ın ölmesi ile Büyük Selçuklu Devleti bir anarşi içine girdi. Melihşah'ın eşi [[Terken Hatun (I. Melikşah'ın eşi)|Terken Hatun]], Melikşah'ın küçük yaştaki oğlu ve Sencer'in kardeşi [[I. Mahmud (Selçuklu)|I. Mahmud]]'un sultanlığını ilan etti. Melihşah'ın büyük oğlu olan [[Berkyaruk]] ise taraftarları tarafından [[Rey]] şehrine kaçırılıp Sultan ilan edildi. Bunun üzerine Berkyaruk ve I. Mahmud güçleri arasında 17 Ocak 1093 Burûçird'de yapılan savaşta Berkyaruk galip geldi. Ahmet Sencer ve Berkyaruk'un amcası olan [[I. Tutuş|Tutuş]], Suriye'ye ilerleyerek [[Şam]] ve [[Halep]] şehirlerini eline geçirip [[Suriye Selçuklu Devleti]]'nin kurucusu oldu. Tutuş, Berkyaruk'un elinde bulunan İran arazilerini de ele geçirmek üzere Berkyaruk'a hücum ettiyse de 26 Şubat 1095'te [[Rey, İran|Rey]]'de Berkyaruk ile yapılan savaşta yenildi ve öldü. Böylece Berkyaruk tek sultan oldu ancak zaman zaman ya kardeşleri ya da onların varislerinin ayaklanmaları ve tehditleriyle karşılaştı. Bundan sonra Büyük Selçuklu Devleti üçe bölünmüş olarak görülmeye başlandı:
* İran, Irak ve Orta Asya'nın bir kısmı Berkyaruk'un sultanlığı altında
* Suriye'de Tutuş'un iki oğlu idaresi altında Şam Melikliği ve Halep Melikliği;
