Çatışmalar basit bir Nizari ve Selçuklu savaşından daha karmaşıktı. Nizari İsmaililerin bileordusu birliğibile yoktu; örneğin İsfahan'daki Nizariler Alamut'un otoritesini tanımadılar. Bazenİlk gerçekbaşta İsmailizm,Fatimilere 1101bağlı olan Hasan Sabbah ve ismaililier 1094 yılında Mustansırın ölümü ile onun yerine oğlu [[Müstalî]] vezir el Efdal'ın çabaları ile tahta geçti ancak Hasan Sabbah ve taraftarları [[Nizar bin Müstansır|Nizar bin Müstansırın]] imamlıgını savundular. Böylece İsmaili mezhebi Mustali ve Nizari olarak iki kola ayrıldı. vezir Efdal 1121 yılında haşhaşiler tarafından öldürüldü. Artık devlet desteğinden yoksun olan Nizar Ismaillileri hem inançlarını yaymak hem de İsfahan'dakibölgede Nizarileringüçlü katliamıbir gibidevlet kurmak için mücadele etmek zorundaydılar çünkü bölge de sünni müslümanlar çoğunlukta idi. 1092 yılında başlayan Nizari Selçuklu hükümetindensavaşları sırasında binlerce Nizari pogromlarda ve yahut bölgeye yapılan seferlerde katledildi. Nizarilerin suikastleri düşmana korku yaydıysa da bu ziyadedevleti yerelyıkmak Sünniiçin nüfustanyeterli geldideğildi. Selçuklu hanedanı arasındaki çatışmalarıçatışmalar Bazı Hükümdarların Nizarileri desteklemesine yol açtı (ör. [[Berkyaruk|Berkaryuk]] ve [[Rıdvan (Suriye Selçuklu meliki)|Rıdvan ibn Tutuş]]).<ref name="Peacock2015">{{Kitap kaynağı|url=https://books.google.com/books?id=hAndCQAAQBAJ&pg=PT75|başlık=Great Seljuk Empire|tarih=2015|dil=İngilizce|sayfa=75|yayıncı=Edinburgh University Press|isbn=978-0-7486-9807-3}}</ref>
