Prokaryotlarda DNA replikasyonu: Revizyonlar arasındaki fark

[kontrol edilmiş revizyon][kontrol edilmiş revizyon]
İçerik silindi İçerik eklendi
k düzenlemeler
Düzeltmeler yapıldı.
1. satır:
{{Düzenle|tarih=Ocak 2021}}
[[Dosya:DNA replication en.svg|solsağ|küçükresim|310x310pik]]
HALİME KELOĞULLARI
Replikasyon'''Prokaryotarda DNA Replikasyonu''' kendi kendini eşleyerek genetik materyalin birebir kopyasını oluşturma işlemine denir.
 
== DNA kendini yarı-saklı eşlemesi ==
172115010
DNA kendini yarı-saklı eşlemeyle çoğalır. DNA replikasyon şekilleri üç gruba ayrılmakadır.
 
2.I.* Konservatif (Saklı) Replikasyon : Çift zincirli DNA’nın kopyasını oluşturması sonucunda yeni oluşan DNA’da eski DNA’dan herhangi bir parça gözlenmez.
MOLEKÜLER GENETİK DERSİ
2.II.* Semikonservatif (Yarı-Saklı) Replikasyon : Kopyalanan DNA molekülündeki her bir zincirde yeni ve eski DNA bulunur.
2.III.* Dispersif (Parçalı ) Replikasyon : Çift zincirli DNA’nın kopyalanması sırasında kırılmalar gerçekleşir ve bu kırılmalar yeni oluşacak çift sarmalın içerisine dağılarak her bir zincirde hem eski DNA’dan hem de yeni DNA bulunur. Günümüzde DNA replikasyonlarında semikonservatif replikasyon görünmektedir.
 
<u>DNA replikasyonunda birçok DNA polimeraz görev almaktadır .</u>
ARŞ.GÖR. SEVİNÇ AKÇAY
[[Dosya:DNA replication en.svg|sol|küçükresim|310x310pik]]
'''<u>1.Replikasyon Nedir ?</u>'''
 
Replikasyon kendi kendini eşleyerek genetik materyalin birebir kopyasını oluşturma işlemine denir.
 
'''<u>2.DNA Kendini yarı-saklı eşlemeyle çoğalır .</u>'''
 
DNA replikasyon şekilleri üç gruba ayrılmakadır.
 
2.I. Konservatif (Saklı ) Replikasyon
 
2.II. Dispersif(Parçalı) Replikasyon
 
2.III. Semi konservatif( Yarı-Saklı) Replikasyon
 
2.I. Konservatif (Saklı) Replikasyon : Çift zincirli DNA’nın kopyasını oluşturması sonucunda yeni oluşan DNA’da eski DNA’dan herhangi bir parça gözlenmez.
 
2.II. Semikonservatif (Yarı-Saklı) Replikasyon : Kopyalanan DNA molekülündeki her bir zincirde yeni ve eski DNA bulunur.
 
2.III. Dispersif (Parçalı ) Replikasyon : Çift zincirli DNA’nın kopyalanması sırasında kırılmalar gerçekleşir ve bu kırılmalar yeni oluşacak çift sarmalın içerisine dağılarak her bir zincirde hem eski DNA’dan hem de yeni DNA bulunur. Günümüzde DNA replikasyonlarında semikonservatif replikasyon görünmektedir.
 
<u>DNA replikasyonunda birçok DNA polimeraz görev almaktadır .</u>
 
'''DNA Polimeraz 1''': 5’-3’ eksonükleaz aktivesi göstermektedir. Bu demek oluyor ki sentezin başladığı yerden itibaren nükleotitleri kesebilir ve işlem yönünde hareket etmektedir. RNA primlerini uzaklaştırırlar. Eksonükleaz aktivitesi ile hataları onarmada kullanılır.
Satır 36 ⟶ 18:
'''DNA Polimeraz III:''' Kompleks yapıya sahiptir. DNA ipliğinde replikasyonun aynı anda gerçekleşmesini sağlar. Proteinler birbirine bağlanarak kompleks bir yapı oluşturur bu yapı DNA polimeraz III Haloenzimidir. Bu β alt birim replikasyonda enzimin kalıptan ayrılmasını engeller. Bunu engelleyen B alt birim ise kayan kıskaç sayesinde gerçekleşir. DNA polimeraz III haloenziminin alt birimleri α - ε - θ- γ - δ - δ’ – Χ- Ψ- β- π gibidir. Kalıp zincirin nükleotit polimerizasyonundan a alt birimi sorumludur. ε alt birimi 3’5’ eksonükleaz aktivesi göstermektedir. γ - δ - δ’- Χ- Ψ bu alt birimleri γ kompleks bölgeyi oluşturur. Bu kompleks ise replikasyon çatalında enzimin kalıba oturmasını sağlar. π alt birimi ise iki çekirdek polimerazın replikasyon çatalında bir arada tutunmasın sağlar. Haloenzim ve diğer proteinler replizom adı verilen kompleks oluştururlar. DNA polimerazlarının sentez yapabilmesi için, 3’-OH ucunun boş kalması, Kalıp bir DNA ‘nın bulunması, Ortamda dNTP'ler bulunması gerekir.
 
'''<u>3.== Prokaryotlardaki DNA replikasyonu</u>''' ==
 
Prokaryotlarda replikasyon belirli bir nükleotid dizisinde ve dairesel DNA’da başlamaktadır. DNA replikasyonun başladığı bir orijin noktası vardır. Bu orijin noktası yani replikasyonun başladığı yer oriC olarak adlandırılmaktadır. 245 baz çifti içeren bu orijin bölgesi 9(9mer) ve 13(13mer) bazdan oluşan tekrar dizileri bulundurur. Bu bölgeler A-T bazları olarak oldukça fazla olan bölgelerdir. Bu bölgeler DNA dizilerine daha az kararlı olup DNA sarmalının daha kolay açılmasını sağlarlar. dnaA geni tarafından şifrelenen dnaA denilen özgül bir protein sarmalın açılmasından sorumludur. bu sarmalın açılması için bazlar arasındaki hidrojen bağlarının kırılması gerekir bu olay gerçekleştiren helikaz enzimdir. Helikaz enzimi iki sarmalı denatüre ederek bazlar arası etkileşimi kırar. Kırılmadan sonra bu sarmal açılmaya başlar ve replikasyon çatalı oluşturur. Açılan bu sarmal yapı tek zincirihale gelmiştirbu tek zincirli hale yapıların tekrardan birleşmemesi için tek ipliğe bağlanan proteinler yani SSB’ler yer almaktadır. Sarmal açılmaya devam ettikçe replikasyon çatalının ön kısımda DNA’daki dönüşümlerden dolayı kıvrımlar meydana gelir ve bu kıvrımlar supercoil haldedir.DNA giraz enzimi bu meydana gelen kıvrımları ve düğümlerin açılmasını sağlar .
Satır 42 ⟶ 24:
DNA replikasyonun başlaması için primaz enzimi primer olarak adlandırılan küçük RNA parçalarını sentezler. Bu primerler 10-12 nükleotit uzunluğundadır. Bu sentezlemeden sonra DNA Polimeraz III enzim gelerek primere bağlanır. Primazın görevi iyi bir şekilde yapabilmesi için başka replikasyon protenleri ile kompleks oluşturması gerekir ve bu oluşturulan komplekse primozom adı verilir. Primozom SSB proteinlerinin yerini alarak primer için başlangıç noktasını tanır. DNA’daki çift sarmal yapı birbirlerine antiparaleldir. Replikasyon 5’-3’ yönünde sentezlenir. Bu sentezde iki zincir oluşmaktadır. Bu zincirlerin biri sürekli kalıp DNA olarak kullanılmaktadır. Bu zincire kesiksiz iplik ya da lider zincirde denilmektedir. Diğer zincir ise kesikli iplik yada izci zincir denilmektedir.
 
Kesikli zincirde DNA polimeraz III sentez yönünde devamlı baz ekleyerek devam etmektedir. Kesiksiz zincir ters yönde olduğu için bu baz ekleme sürekli gerçekleşmemektedir. Sadece DNA Polimeraz III belirli baz büyüklüğünde aralıklı fragmentler gerçekleşmektedir. Bu fragmentlere de okazaki fragmenti denir. Her okazaki parçalarının başında RNA primeri bulunur.Replikasyon ilerledikçe zincirlerde bulunan RNA primerleri RnazH enzimi ile çıkartılarak kalıp DNA’ya uygun olarak sentezlenir. Bu boşluklar DNA polimeraz I enzimi ile doldurulur. Kesikli iplikte okozaki parçaları DNA ligaz enzimi ile birleştirilir. Replikasyon çatalının sonunda terminus adı verilen sonlanma bölgesi bulunmaktadır. Terminus yani ter dizileri kromozomda tuzak oluşturacak şekilde yerleştirilmiştir. Ter dizileri ayrıca Tus proteinlerinin bağlanacağı bölgeleri oluşturmaktadır. Tus bağlandığı zaman çatalın hareket yönünde gitmesine izin verir yada gitmesini durdurur. Bunun sebebi ise, replikasyon esnasında herhangi bir hatanın olup olmadığını teyit etmektir. Herhangi bir hata oluşmuşsa DNA polimerazın 3’-5’eksonükleaz aktivitesi ile hata giderilir.<ref>dent2.ege.edu.tr/dosyalar/kaynak/105_tibbi/2.pdf</ref><ref>Hafta_Prokaryotik DNA Replikasyonunun Temel İlkeleri.pdf (omu.edu.tr)</ref><ref>DNA Replikasyonu.pdf (omu.edu.tr)</ref>
 
<u>Referanslar</u>
 
dent2.ege.edu.tr/dosyalar/kaynak/105_tibbi/2.pdf
 
6 Hafta_Prokaryotik DNA Replikasyonunun Temel İlkeleri.pdf (omu.edu.tr)
 
== Kaynakça ==
4 DNA Replikasyonu.pdf (omu.edu.tr)
{{Kaynakça}}
 
[[Kategori:DNA ikileşmesi]]
{{Kategorisiz|Aralık 2020}}