Bavyera yüksek platolardan ve orta yükseklikte dağlardan oluşmuş bir bölgedir. Kuzeybatısında Spessart'ın ağaçlıklı kumtaşı tepeleri, kuzeyinde yüksek platolar ve bazalt tepecikler yer alır. Kuzeybatı kesimi, [[Ren Irmağı]]yla birleşen [[Main (nehir)|Main Irmağının]] akaçlama alanıdır.Güneydoğusunda değişik topografiktopoğrafik özellikler görülür. Schwaben-Franken bölgesinde katmanlaşmış topraklar, kabuklu kireçtaşı ve kırmızı marn toprakları, Franken-Rednitz Havzasında da tepelikler görülür. Bavyera'yı kuzey ve güneye ayıran [[Tuna]] boyunca Franken Jura'sının kireçtaşlı dağları uzanır. Bavyera'nın doğusunda [[Çek Cumhuriyeti]] sınırında Bohemya Ormanı (''Böhmerwald''), kuzeyinde ise Franken Ormanı (''Frankenwald'') bulunur. Tuna'nın güneyi, Münih'i de içine alan bir platodur. Daha güneyde [[Bavyera Alpleri]] uzanır. Alpler'in Bavyera bölümü 1.000 m'yi geçen ormanlık tepelerden oluşur. Bu tepelerin arkasına dik sırtlar ve platolar (batıda Allgau Alpleri, doğuda Berchtesgaden Alpleri) yükselir. Bavyera Alpleri'nin en yüksek noktası Wetterstein Dağları'ndaki [[Zugspitze]]'dir (2.962 m). Zugspitze aynı zamanda Federal Almanya'nın da en yüksek noktasıdır. Bavyera'da Aşağı Main Vadisi gibi bazı yerler dışında [[Orta Avrupa]] için sert sayılabilecek bir kara iklimi görülür.
