Celali ayaklanmaları, [[Osmanlı İmparatorluğu|Osmanlı]] toprak düzenini büyük ölçüde değiştirdi. Ağır vergiler yüzünden ya da “Büyük Kaçgun” sırasında yerlerinden olan çiftçilerin toprakları mültezimlerin ya da yerel yöneticilerin eline geçti. Vergiler yüzünden borca giren köylüler, işledikleri toprakları sonunda tefecilere kaptırdılar. [[Osmanlı İmparatorluğu|Osmanlı]] toprak düzeninin bel kemiği olan Tımar Sistemi bozuldu. Büyük nüfus hareketleri ortaya çıktı ve kentlere büyük göçler oldu. Tarımsal üretim geriledi ve kıtlık tarım ürünleri fiyatlarının yükselmesine yol açtı. On binlerce insan yaşamını yitirdi ve pek çok yerleşim yeri yıkıma uğradı. İsyandan sonraki kıyımdan kaçabilenler İran'a kaçarlarken, saklananlar İç ve Doğu Anadolu Alevilerinin temelini oluşturmuşlardır ve atalarıdırlar, Saklanmayan ve kaçmayan kalabalık Türkmen aşiretleri ise bugünkü Bulgaristan ve Makedonya topraklarına sürgün edilmişlerdir, o vakte kadar yalnız Batı Anadolu'dan yapılan iskanlarla az bir Türk nüfusuna sahip olan Balkanlarda bu tarihten itibaren Türkler çoğalmıştır. Köylü çiftbozan olmuştur yani tarlasını bırakıp, işlemeyip göç etmek istemiştir, böyle köylülere çiftbozan adlı ceza vergisi uygulanırdı.
