1895 öncesinde Bugünkü Dağlık badahşan bölgesi Darvaz, Shugnon ve [[Vahan]] bölgelerini kapsayan birkaç yarı özerk devletçikten oluşmaktaydı. Bu bölgeler şu anda Dağlık Badahşan ve Afganistan’ın [[Bedahşan (il)|Badahşan]] vilayetine bağlıdır. Badahşan bölgesi günümüzde Tacikistana bağlı Dağlık Badahşan Özerk Bölgesi, Afganistana bağlı Badahşan Vilayeti ve Çin’in [[Taşkurgan Tacik Özerk İlçesi|Taşkurgan]] otonom bölgesine karşılık gelmektedir. Bölge Çin İmparatorluğu, Rus İmparatorluğu ve Afganistan Emirliği tarafından ele geçirilmiştir. [[Çing Hanedanı]]'nın yönetimdeki Çin İmparatorluğu [[Pamir Dağları]]'nın tamamını kontrol etmeyi amaçlasa da Çin askeri bölükleri sadece [[Taşkurgan Tacik Özerk İlçesi|Taşkurgan]]’ın doğusundaki geçitleri hakimiyeti altına alabilmiştir. 1890'larda Çin, Rusya ve Afgan hükümetleri Badahşan'ı kendi aralarında bölen bir dizi anlaşma imzaladılar, ancak Çin, Tacikistan hükümeti ile 2002 yılında bir anlaşma imzalayana kadar bu sınırlara itiraz etmeye devam etti.<ref>{{Web kaynağı | url = https://www.fmprc.gov.cn/mfa_eng/wjb_663304/zzjg_663340/tyfls_665260/tyfl_665264/2626_665266/t22820.shtml | başlık = China's Territorial and Boundary Affairs | erişimtarihi = 26 Aralık 2020 | tarih = 30 Haziran 2003 | çalışma = www.fmprc.gov.cn | yayıncı = Çin Halk Cumhuriyeti Dışişleri Bakanlığı | arşivurl = https://web.archive.org/web/20160227122516/https://www.fmprc.gov.cn/mfa_eng/wjb_663304/zzjg_663340/tyfls_665260/tyfl_665264/2626_665266/t22820.shtml | arşivtarihi = 27 Şubat 2016}}</ref>
19. yüzyılın ikinci yarısından sonra Orta Asya'da bulunan [[Hive Hanlığı|Hive]], [[Hokand Hanlığı|Hokand]] ve [[Buhara Emirliği|Buhara]] hanlıklarının Rusya egemenliğine girmesi ile Orta Asya [[Rus Türkistanı|Türkistan Valiliği]] ve Step Valiliği olarak ikiye bölündü. 1917 Bolşevik Devrimi sonrasında ise Orta Asya'da Sovyet Milliyetler Politikası çerçevesinde 1929 yılında Tacikistan'ın Birlik Cumhuriyeti olması ile bölge Dağlık Badahşan Özerk Bölgesi olarak [[Tacikistan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti]]'ne bağlandı.<ref name=":1" /> 1950’li1955 yıllardayılında İraniise birGharm etnikbölgesinin grupdağıtılmasıyla olanbu bölgenin toprakları da Dağlık Badahşan bölgesine dahil edildi. 1970'lerde, Sovyet yetkilileri büyük Pamir gruplarını doğu dağlarından güneybatı Tacikistan'ın daha düz tarım alanlarına taşımaya karar verdi. Politikanın aynı anda iki hedefi gerçekleştirdiği görüldü: Pamirlerin Tacik Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'nin nispeten gelişmiş bölgelerine daha fazla entegre edilmesi ve tarımda emeği arttırmak.<ref name=":2">{{Web kaynağı|url=https://www.rferl.org/a/tajikistan-unconquerable-gorno-badakhshan-region/29534057.html|başlık=Tajikistan's Unconquerable Gorno-Badakhshan Region|erişimtarihi=2020-12-29|dil=en|çalışma=RadioFreeEurope/RadioLiberty}}</ref> 1992 yılındaki [[PamirlerTacikistan İç Savaşı]]'nda zorlaDağlık Badahşan Tacikistanın’ınbölgesi güneyTacikistan’dan batısınabağımsızlığını yerleşmeyeilan zorlandılaretti. 1955İç yılındasavaş esnasında ise Gharmbir bölgesininsüre dağıtılmasıylaönce bubatıya bölgeninyerleştirilen topraklarıPamirler, darakip Dağlıkgruplar Badahşantarafından bölgesinehedef dahilalındılar. edildi.
1992Dağlık yılındaBadahşan iç savaş esnasında İslamcılar tarafından oluşturulan [[Tacikistan:en:United_Tajik_Opposition|Birleşik İçTacik SavaşıMuhalefeti]]'nınbaşlamasıylaiçin bir kale oldu. Dağlık BadahşanBadahşanın bölgesiDuşanbe Tacikistan’danyolu bağımsızlığınıboyunca ilanbatı ettikesimi, uzun süren savaşlara sahne oldu. TacikistanRus içsınır savaşımuhafızları, esnasındagenel bölgedeolarak yaşayanAfganistan Pamirlersınırı içboyunca savaştakibir rakipdizi gruplarkarakolda tarafındansınır hedefgüvenliğini alındısağladı. veHorog, DağlıkRus Badahşanbirliklerinin içyardımıyla savaşhükümet esnasındakontrolü İslamcılaraltındaydı. Geri kalanı bölgeleri ise kimse tarafından oluşturulankontrol [[:en:United_Tajik_Opposition|Birleşikedilmiyordu ve Haziran 1997 sonlarında Tacik Muhalefeti]]barış içinanlaşması birimzalandıktan kaleve oldubarış yerleştikten sonra da öyle kaldı.<ref İçname=":2" savaş/> sonrasındaİç savaşta Rusya'nın ve Özbekistan'ın desteğini alan hükümetin karşısında Dağlık Badahşan Hükümeti bağımsızlık kararından geri adım atmak zorunda kaldı. Dağlık Badahşan, Günümüzde Tacikistan içerisindeki otonom bölge statüsünü korumaktadır.<ref name="davlat" /> <ref>{{Web kaynağı | url = https://www.orexca.com/tajikistan/regions/gorno_badakhshan_region.htm | başlık = Gorno-Badakhshan Autonomous Oblast (GBAO) | erişimtarihi = 26 Aralık 2020 | tarih = | çalışma = www.orexca.com | yayıncı = | arşivurl = https://web.archive.org/web/20200128190203/https://www.orexca.com/tajikistan/regions/gorno_badakhshan_region.htm | arşivtarihi = 28 Ocak 2020}}</ref> 2011 yılında Tacikistan, Pamir Dağları'ndaki 1.000 km²'lik arazinin Çin Halk Cumhuriyeti'ne devredilmesine yönelik 1999 tarihli bir anlaşmayı onaylayarak 130 yıllık bir anlaşmazlığı sona erdirdi ve böylece Çin, 28.000 km²'nin üzerindeki Tacikistan toprakları üzerindeki iddialarından vazgeçti.<ref>{{Haber kaynağı|url=https://www.bbc.com/news/world-asia-pacific-12180567|başlık=Tajikistan cedes land to China|erişimtarihi=26 Aralık 2020|tarih=13 Ocak 2011|dil=en-GB|çalışma=BBC News|yayıncı=|ad=|soyadı=}}</ref><ref>{{Web kaynağı | url = https://timesofindia.indiatimes.com/world/china/Chinas-area-increases-by-1000-sq-km/articleshow/7269616.cms | başlık = China's area increases by 1000 sq km - The Times of India | erişimtarihi = 26 Aralık 2020 | tarih = 16 Ocak 2011 | çalışma = | yayıncı = | arşivurl = https://web.archive.org/web/20110114143849/https://timesofindia.indiatimes.com/world/china/Chinas-area-increases-by-1000-sq-km/articleshow/7269616.cms | arşivtarihi = 14 Ocak 2011}}</ref>
2012 yılında bölgede Tacik ordusu ile eski bir savaşçı lider Talip Ayombekov'a sadık militanlar arasında bir Tacik generalin öldürülmesi suçlamasıyla bir dizi çatışma yaşandı.<ref>{{Web kaynağı | url = https://www.refworld.org/docid/501fae012.html | başlık = Refworld {{!}} Tajikistan: Khorog Hard Hit by Gunbattles | erişimtarihi = 23 Aralık 2020 | tarih = 31 Temmuz 2012 | dil = İngilizce | çalışma = Refworld | yayıncı = | ad = United Nations High Commissioner for | soyadı = Refugees | arşivengelli = evet}}</ref>
