1403'dete Bursa'ya gelen Musa Çelebi orada egemen olan kardeşi [[İsa Çelebi]]'yi yenerek kente girdi.<ref name="yasamyapit"/> Timur orduları tarafından talan edilmiş olan Bursa'da Timur'dan beratlı olan bir emir olarak hüküm sürmeye başladı. Fakat kardeşi İsa Çelebi Karesi civarlarına geldi ve Musa'nın emirliğini tehdide başladı. Musa Çelebi, İsa Çelebi'ye karşı bir sıra hücumda bulundu ve bunlarda İsa Çelebi güçlerine üstün geldi ama onu elimine etmeyi başaramadı. Son çarpışma Balıkesir civarında oldu ve Musa Çelebi yenik düşüp kaçmak zorunda kaldı. Musa Çelebi buradan önce Germiyan'a [[Germiyanoğlu]] [[II. Yakup Bey]]'in yanına, sonra da kuzeni olan [[Karamanoğlu Mehmed Bey]]'e ile [[Candaroğlu]] [[İsfendiyar Bey]]'in yanına sığındı.<ref name="yasamyapit"/><ref name="sakaoglu1">Sakaoğlu (1999), ''Bu Mülkün Sultanları'', ...., say.67 Rumeli'ye kaçtığını da bildirir.</ref>
