[[Dosya:Yuri Gagarin and Zakaria Mohieddin 05-02-1962 Cairo Almaza Air Base.jpg|thumb|sağ|Zekeriya Muhiddin (sağda) ve [[Yuri Gagarin]] (ortada) [[Kahire]]'deki hava üssünde, 2 Şubat 1962]]
[[Hür Subaylar Hareketi]]'nin Mısır'da yönetimi ele geçirdği [[1952 Mısır Devrimi]] sonrasında pek çok önemli siyasi görevi üstlendi. Darbenin ilk döneminde 1953 yılından 1962'ye kadar Mısır İçişleri Bakanı olarak görev yaptı.<ref>[{{Web kaynağı |url=https://books.google.com.tr/books?id=D6HKAgAAQBAJ&printsec=frontcover&hl=tr#v=onepage&q&f=false |başlık=Harris M. Lentz, Heads of States and Governments Since 1945, Routledge, 2013, s.250.] |erişimtarihi=27 Nisan 2016 |arşiv-url=https://web.archive.org/web/20160625170242/https://books.google.com.tr/books?id=D6HKAgAAQBAJ&printsec=frontcover&hl=tr#v=onepage&q&f=false |arşiv-tarihi=25 Haziran 2016 |ölüurl=no }}</ref> [[Genel İstihbarat Müdürlüğü (Mısır)|Genel İstihbarat Müdürü]]'nü kurarak başkanlık görevini bizzat 1955 yılına kadar sürdürdü.<ref>[{{Web kaynağı |url=http://www.aljazeera.com.tr/gorus/arap-baharinda-istihbaratin-rolu |başlık=Arap Baharı'nda istihbaratın rolü] |erişimtarihi=27 Nisan 2016 |arşiv-url=https://web.archive.org/web/20160428120944/http://www.aljazeera.com.tr/gorus/arap-baharinda-istihbaratin-rolu |arşiv-tarihi=28 Nisan 2016 |ölüurl=yes }}</ref> 1961'de [[Suriye]]'nin [[Birleşik Arap Cumhuriyeti]]'nden ayrılmasına sebep olacak [[1961 Suriye Darbesi|Suriye Darbesi]]'nden birkaç ay önce cumhurbaşkanı yardımcısı olarak atanmıştı. Bu görevi 1968'e kadar sürdürdü. Eylül 1965'ten Eylül 1966'ya kadar ise Mısır Başbakanı görevini üstlenmiştir.
1967'de [[6 Gün Savaşı]]'nda Mısır'ın yenilgisi üzerine [[Mısır Cumhurbaşkanları listesi|Mısır Cumhurbaşkanı]] [[Cemal Abdül Nasır|Cemal Abdül Nâsır]] istifa edince cumhurbaşkanı yardımcısı olan Zekeriya Muhiddin'in başkanlık görevini üstlenmesini istedi.<ref>[{{Web kaynağı |url=http://www.filozof.net/Turkce/tarih/tarihi-kisilikler-sahsiyetler/18064-cemal-abdulnasir-kimdir-hayati-donemi-hakkinda-bilgi.html?showall=1 |başlık=Cemal Abdülnâsır Kimdir?] |erişimtarihi=27 Nisan 2016 |arşiv-url=https://web.archive.org/web/20160513130844/http://www.filozof.net/Turkce/tarih/tarihi-kisilikler-sahsiyetler/18064-cemal-abdulnasir-kimdir-hayati-donemi-hakkinda-bilgi.html?showall=1 |arşiv-tarihi=13 Mayıs 2016 |ölüurl=yes }}</ref> Ancak daha sonra Nâsır'ın istifasını geri çekmesiyle bu görevi üstlenmedi. Aldığı önemli siyasi görevler sebebiyle Nâsır sonrası dönemdeki başkan adayları arasında adı anılsa da 1970'te [[Enver Sedat]]'ın cumhurbaşkanı seçilmesi sonrası siyasi hayattan çekilmiş ve başka siyasi görev üstlenmemiştir.
