[[İstanbul]]'un Latinler tarafından işgal edilmesinden sonra kaçan ve [[Trabzon]]'da 1204 yılında [[Trabzon İmparatorluğu]]'nu kuran [[Komninos Hanedanı]]'ndan İmparator [[I. Manuil (Trabzon imparatoru)|I. Manuil]] (1238-1263) tarafından 1250-1260 yılları arasında yaptırılan ve bir manastır kilisesi olan Ayasofya adı "Kutsal Bilgelik" anlamına gelir. [[Fatih Sultan Mehmed]]'in 1461 yılında [[Trabzon]]'u fethinden sonra da kilise olarak kullanılan yapı 1584 yılında sultanın emriyle Kürd Ali Bey adlı bir ayân tarafından bir minber ve müezzin mahfili eklenerek camiye dönüştürülmüştür. 1610’da kente gelen Julian Bordier camiye dönüştürülen yapının onarılmadığı için boş tutulduğunu ve ibadet için kullanıldığını bildirmiştir<ref>{{Web kaynağı|url=httphttps://www.karalahanaozhanozturk.com/makaleler2017/tarih09/24/trabzon-ayasofya-muze-olarak-kalmali.html /|başlık=Trabzon Ayasofya Kilisesi. Özhan öztürkÖztürk. Pontus Antik Çağ’dan Günümüze Karadeniz’in Etnik ve Siyasi Tarihi. Genesis Yayınları. Ankara, 2011 s. 712|erişimtarihiarşivtarihi=19 Nisan 2013 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20130420091514/http://karalahana.com/makaleler/|tarih/trabzon-ayasofya-muze-olarak-kalmali.html |arşivtarihi=20 Nisan 2013 |ölüurl=yes |çalışma=|yayıncı=}}</ref>. Uzun süre ibadete kapalı olan yapı 1865’de Müslüman cemaatin topladığı 95.000 kuruş ile Rum ustalar tarafından onarıldıktan sonra yeniden camiye dönüştürülse de [[I. Dünya Savaşı]] sırasında Trabzon’u işgal eden Rus ordusu tarafından depo ve askeri hastane olarak kullanılmıştır. Savaş sonrasında 1960 yılında dek cami olarak kullanılan yapının freskleri 957-62 yılları arasında [[Edinburgh Üniversitesi]]’nden Russell Trust tarafından temizlendikten sonra [[Vakıflar Genel Müdürlüğü]] tarafından restore edilerek 1964 yılında müze hâline getirilmiştir.<ref>{{Web kaynağı|url=httphttps://www.karalahanaozhanozturk.com/makaleler2017/tarih09/24/trabzon-ayasofya-muze-olarak-kalmali.html /|başlık=Trabzon Ayasofya Kilisesi. Özhan öztürk. Pontus Antik Çağ’dan Günümüze Karadeniz’in Etnik ve Siyasi Tarihi. Genesis Yayınları. Ankara, 2011 s. 713|erişimtarihiarşivtarihi=19 Nisan 2013 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20130420091514/http://karalahana.com/makaleler/|tarih/trabzon-ayasofya-muze-olarak-kalmali.html |arşivtarihi=20 Nisan 2013 |ölüurl=yes |çalışma=|yayıncı=}}</ref>. Her yıl on binlerce turist tarafından ziyaret edilen yapı Vakıflar Trabzon Bölge Müdürlüğü tarafından camiye dönüştürülmekte, imam atanması beklenmektedir <ref>{{Web kaynağı |url=http://www.agos.com.tr/haber.php?seo=ayasofya-yeniden-camiye-cevriliyor&haberid=4914 |başlık=Ayasofya yeniden camiye çevriliyor! |erişimtarihi=19 Nisan 2013 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20130418225920/http://www.agos.com.tr/haber.php?seo=ayasofya-yeniden-camiye-cevriliyor&haberid=4914 |arşivtarihi=18 Nisan 2013 |ölüurl=yes }}</ref>. Müzenin camiye dönüştürülmesi kimi muhafazakâr siyasetçi ve medya kurumlarınca desteklenir<ref>[http://www.haber7.com/guncel/haber/910535-bulent-arinctan-ayasofya-mujdesi Ayasofya camii olmalı]</ref>, hatta İstanbul Ayasofya'nın da ibadete açılması beklenirken, çeşitli aydın ve aktivistlerce freskler ve yapının zarar göreceği gerekçesiyle müze statüsünü yitirmesine karşı çıkılmış<ref>{{Web kaynağı |url=http://www.kenthaber.com/Haber/Genel/Kose/erdem-yucel/trabzon-ayasofyasi-ibadete-mi-aciliyor-/168170d8-74a2-4521-8b28-137e5241afbd |başlık=Trabzon Ayasofya’sı ibadete mi açılıyor? |erişimtarihi=19 Nisan 2013 |arşivurl=https://web.archive.org/web/20130419043932/http://www.kenthaber.com/Haber/Genel/Kose/erdem-yucel/trabzon-ayasofyasi-ibadete-mi-aciliyor-/168170d8-74a2-4521-8b28-137e5241afbd |arşivtarihi=19 Nisan 2013 |ölüurl=yes }}</ref><ref>[http://www.cumhuriyet.com.tr/?hn=398068 Trabzon Ayasofyası’nda ‘Siyasal Cami’ Emeli]</ref><ref>[http://www.iha.com.tr/trabzondaki-ayasofya-muzesinin-ibadete-acilacak-olmasina-tepkiler-suruyor-20130417AW000412-trabzon-haberi Tepkiler sürüyor]{{Ölü bağlantı|date=Nisan 2020 }}</ref> ve "Trabzon Ayasofya Müzesi Müze olarak kalmalı" adlı bir de imza kampanyası başlatılmıştır <ref>[http://www.change.org/tr/kampanyalar/trabzon-ayasofya-m%C3%BCzesi-m%C3%BCze-olarak-kalmal%C4%B1 Trabzon Ayasofya Müzesi Müze olarak kalmalı imza kampanyası]</ref>. 3 Haziran 2013 tarihinde Kültür Bakanlığı tarafından Vakıflar Genel Müdürlüğüne teslim edildi. Ardından mahkeme kararları ve vakıf kaydı dolayısıyla Ayasofya, 28 Haziran 2013 Cuma günü 49 yıl sonra yeniden müslümanların ibadetine açıldı.
