Thorbecke, Temsilciler Meclisinde muhalefet liderliğinde dokuz yıl geçirdi. 1854 Kırım Savaşı'nda tarafsızlık istedi ve 1857'de İlk Eğitim Yasasının dini doğasına itiraz etti.
1862'de muhafazakarmuhafazakâr kabinenin çökmesi Thorbecke'yi iktidara getirdi. 31 Ocak 1862'de ikinci dönemini İçişleri Bakanı ve Bakanlar Kurulu Başkanı olarak başlattı. Thorbecke'nin Kral ile olan ilişkisi iyileşti, çünkü reformlarının odağı siyasetten ekonomiye kaymıştı ve liberaller arasındaki bölünmüşlüğün artmasına rağmen, kabine Katoliklerin desteğiyle dört yıl sürdü. Thorbecke'nin ikinci döneminde yaptığı ilk hareketlerden biri hükûmet birimlerinin dini hizmetler için kaldırılmasıydı. Diğer önemli başarılar arasında birkaç kanal inşaatı, Mayıs 1863'te Orta Öğretim Yasası, sağlıkla ilgili çeşitli eylemler ve 1865'te belediye vergi reformu yer aldı. Kabine 10 Şubat 1866'da çöktü ve Thorbecke, Hollanda Doğu Hindistan'daki ceza hukuku ile ilgili bir çatışma sonrasında istifa etti.
Aralık 1871'de hastalandı ve hiçbir zaman tamamen iyileşmedi. Thorbecke, 74 yaşındayken 4 Haziran 1872'de Lahey'deki evinde öldü.
